| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,239,609 | T→G | 6.0% | intergenic (+64/‑335) | alx → / → sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,239,609 | 0 | T | G | 6.0% | 954.9 / 38.0 | 304 | intergenic (+64/‑335) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (142/140); new base G (8/11); total (150/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
GGCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NC_000913/3239462‑3239757 | ggCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTc < 3:1735970/149‑1 (MQ=255) gtggtgTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAg > 3:119479/1‑149 (MQ=255) tggtgTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAgg > 3:2042039/1‑149 (MQ=255) 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aCCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTgg > 1:466818/1‑149 (MQ=255) aCCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTgg > 1:289914/1‑149 (MQ=255) ccGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGa < 3:933351/149‑1 (MQ=255) ttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGc > 1:201912/1‑149 (MQ=255) ttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTAGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGc > 2:2517921/1‑149 (MQ=255) 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tccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGc < 3:2478628/149‑1 (MQ=255) ctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAt > 2:1767619/1‑115 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTa > 3:850248/1‑149 (MQ=255) tCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCt > 4:1680906/1‑127 (MQ=255) | GGCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NC_000913/3239462‑3239757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |