| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,313,208 | T→A | 5.6% | intergenic (‑30/+134) | rbfA ← / ← infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,313,208 | 0 | T | A | 5.6% | 924.5 / 31.8 | 269 | intergenic (‑30/+134) | rbfA/infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (132/122); new base A (6/9); total (138/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CCGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTACG > NC_000913/3313060‑3313356 | gAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAg > 1:1571601/1‑149 (MQ=255) gAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAg < 4:264263/149‑1 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCTCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtt > 4:732873/1‑149 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtt > 3:1038358/1‑149 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtt > 1:521448/1‑149 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCttt > 3:1579731/1‑149 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCttt < 3:2059366/149‑1 (MQ=255) tcatcaTGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTa > 3:326360/1‑149 (MQ=255) atcatGCCCAGGCGATGATCTTTAATTTCGCGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGTCCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATGCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACGAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaa < 2:2086271/149‑1 (MQ=255) atcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaa > 3:570069/1‑149 (MQ=255) catGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaat < 1:2082446/149‑1 (MQ=255) aGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTc > 1:1014275/1‑149 (MQ=255) ggCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCa < 3:2368846/149‑1 (MQ=255) cGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAgg < 3:1116703/149‑1 (MQ=255) gATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGa > 4:906257/1‑149 (MQ=255) gATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTACTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGa > 2:1483069/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCTCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 1:841563/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTTTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg < 4:627168/149‑1 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 1:2323635/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 3:940763/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 2:352106/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 4:1490467/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 1:73906/1‑149 (MQ=255) tAATATCATGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAACTTCTTTCTCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCt < 1:1964409/149‑1 (MQ=255) aaTTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTg < 3:1166466/149‑1 (MQ=255) aaTTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTg > 1:1277241/1‑149 (MQ=255) aTTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGt < 2:1014275/149‑1 (MQ=255) tCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGTGCTGTTCa < 4:214198/149‑1 (MQ=255) tCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCa < 3:1064642/149‑1 (MQ=255) cACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCAc < 2:1863306/149‑1 (MQ=255) cACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCAc < 2:2375911/149‑1 (MQ=255) tGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCCGTTCACGTTGa < 3:2147324/149‑1 (MQ=255) gCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTAAc < 2:569362/149‑1 (MQ=255) ggATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTg > 2:1921821/1‑149 (MQ=255) ggATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTg > 4:1147405/1‑149 (MQ=255) gcaTGAGAGCTACATCTTTTTGTTTATCCTGCGCTCCGCGCAGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATATATTCTCCTGACAACAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTATAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTGACGTTGACCTg > 4:841401/3‑149 (MQ=255) gATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGa < 1:2472974/149‑1 (MQ=255) gATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGAC‑AAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt < 4:371841/149‑1 (MQ=255) 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tCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg < 2:1235541/149‑1 (MQ=255) tCCTGCGCTACGCCATGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATGAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCCGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGAACTGACAACACGCGCCAGCCTCACATCAgg < 2:2246200/149‑1 (MQ=255) tGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt > 3:467595/1‑114 (MQ=255) tGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt < 4:467595/114‑1 (MQ=255) gcTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATcc > 2:1660866/1‑149 (MQ=255) tACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCAt > 2:2467875/1‑149 (MQ=255) 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aaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAg > 3:1415990/1‑149 (MQ=255) aaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAg > 2:908047/1‑149 (MQ=255) aaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGc > 3:1709563/1‑149 (MQ=255) aaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGc > 4:1729891/1‑149 (MQ=255) aGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCa > 2:759686/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |