| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,041,217 | G→A | 5.0% | Q73* (CAG→TAG) | mobB ← | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,041,217 | 0 | G | A | 5.0% | 1069.1 / 27.9 | 317 | Q73* (CAG→TAG) | mobB | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (153/147); new base A (9/7); total (163/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
AAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAA > NC_000913/4041071‑4041365 | aaaCAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTgctggc > 1:2287453/1‑149 (MQ=255) aCAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTgctggctg < 2:35019/149‑1 (MQ=255) aCAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTgctggctg > 3:1843058/1‑149 (MQ=255) aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGa < 2:2421700/149‑1 (MQ=255) aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGa > 3:1954403/1‑149 (MQ=255) aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCCAGCCAGCAACGa < 4:1485400/149‑1 (MQ=255) aTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGAt < 4:251372/149‑1 (MQ=255) aTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGAt < 4:761833/149‑1 (MQ=255) tttGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGt > 3:97690/1‑149 (MQ=255) gATCTCTTCCTGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTtgtg > 1:2165873/1‑149 (MQ=255) gATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTtgtg < 1:1562831/149‑1 (MQ=255) gATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTtgtg > 1:620513/1‑149 (MQ=255) tctcTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGcc > 2:2315664/1‑149 (MQ=255) 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aGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCggg > 4:1258464/1‑149 (MQ=255) aGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCggg > 1:1930580/1‑149 (MQ=255) aGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCg < 4:1670454/147‑1 (MQ=255) aGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCg > 3:1670454/1‑147 (MQ=255) ggCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGa < 2:1213852/149‑1 (MQ=255) gCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGAt < 2:2025417/149‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACa < 3:1017133/81‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAg > 1:479929/1‑149 (MQ=255) cATCGTTGCCAGCCAGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCCACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGAGCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAg > 3:1574815/1‑149 (MQ=255) cATCGTTGCCAGCCAGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAAt > 4:1349371/1‑138 (MQ=255) aTCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGt < 4:115623/149‑1 (MQ=255) tCGTTGCCAGCCAGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtg > 1:984968/1‑148 (MQ=255) gTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTgg > 1:1060638/1‑112 (MQ=255) gTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtttt < 2:665403/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtttt < 1:744327/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGttttt < 4:1792085/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGttttt < 1:2321174/149‑1 (MQ=255) ggctggcAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGTTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTCATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCaaa > 4:2367261/1‑149 (MQ=255) | AAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAA > NC_000913/4041071‑4041365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |