| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,187,550 | C→T | A734V (GCG→GTG) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,187,550 | 0 | C | T | 99.1% | 387.1 / ‑5.3 | 112 | A734V (GCG→GTG) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (53/57); total (54/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGA > NC_000913/4187454‑4187643 | aaaCTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGc > 1:865997/1‑100 (MQ=255)aaaCTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGc < 1:434170/100‑1 (MQ=255) aCTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGcac < 2:202593/100‑1 (MQ=255) cTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGcaca > 2:1008668/1‑100 (MQ=255) cTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGcaca > 2:759815/1‑100 (MQ=255) cTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGcaca < 2:2263880/100‑1 (MQ=255) cTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGcaca > 1:2263054/1‑100 (MQ=255) tGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAg > 2:773182/1‑100 (MQ=255) aaCCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGAt > 1:665269/1‑99 (MQ=255) ccGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGGGTGGTTCTGTGGCACAGATTCg < 2:1644126/100‑1 (MQ=255) gTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTc < 2:1509837/100‑1 (MQ=255) gTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTc < 2:2237117/100‑1 (MQ=255) gTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGt > 2:926299/1‑99 (MQ=255) tGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCa < 1:1562586/100‑1 (MQ=255) aTTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGc < 1:1281133/100‑1 (MQ=255) aTTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGc > 2:2510897/1‑100 (MQ=255) aaCCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTg > 2:1763117/1‑100 (MQ=255) aaCCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTg > 2:737497/1‑100 (MQ=255) ccGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCt < 2:2802740/100‑1 (MQ=255) ccGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCt > 1:360763/1‑100 (MQ=255) gACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTa < 2:919143/100‑1 (MQ=255) cGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATg < 1:1421790/100‑1 (MQ=255) gTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTTCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGcn < 2:602083/100‑2 (MQ=255) gTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCg < 2:2038642/100‑1 (MQ=255) gTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCg < 2:2302418/100‑1 (MQ=255) ggAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGt > 2:2193136/1‑100 (MQ=255) ggAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGt > 2:537413/1‑100 (MQ=255) ggAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGt > 1:2383896/1‑100 (MQ=255) gAAGAGAAGCAGGTTTCCTTAAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTc > 2:1735526/1‑100 (MQ=255) aaGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCt > 2:1231535/1‑100 (MQ=255) aaGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCt < 1:773186/100‑1 (MQ=255) agagAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTg < 2:670151/100‑1 (MQ=255) gaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATTTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATg < 1:771472/100‑1 (MQ=255) gaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATg > 2:1981433/1‑100 (MQ=255) gaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATg > 1:1934272/1‑100 (MQ=255) gaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATg > 2:239867/1‑100 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATgg > 2:565599/1‑99 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGc > 2:571366/1‑100 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGc > 2:565551/1‑100 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGc > 2:1346594/1‑100 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCAGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGc > 2:1554113/1‑100 (MQ=255) aGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGGCTTCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGaa < 1:820310/100‑1 (MQ=255) ttCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCg < 1:1928087/100‑1 (MQ=255) ccTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGa < 1:2052641/100‑1 (MQ=255) acTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCgag > 1:1493513/2‑98 (MQ=255) cTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGAt < 1:2767708/100‑1 (MQ=255) cTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGAt > 1:2110946/1‑100 (MQ=255) ttCAACAGCATCTACATGTTGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGAt < 1:759819/99‑1 (MQ=255) ttCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATg < 1:348626/100‑1 (MQ=255) ttCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATg < 1:1573165/100‑1 (MQ=255) tCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATgg > 2:2487800/1‑100 (MQ=255) tCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATg < 2:2399450/99‑1 (MQ=255) cAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGc > 2:2462570/1‑100 (MQ=255) aaCAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCt < 2:2727280/100‑1 (MQ=255) aCAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCTCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTc < 2:2473934/100‑1 (MQ=255) aCAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTc < 1:2462584/100‑1 (MQ=255) cAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTcc < 1:1981442/100‑1 (MQ=255) cATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCcatc < 1:217962/100‑1 (MQ=255) cATCTACATGAAGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTAGGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCcatc > 2:1485906/1‑100 (MQ=255) aTCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCcatca < 1:1079307/100‑1 (MQ=255) aTCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGATTCTGAGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCcatca < 2:1903728/100‑1 (MQ=255) cTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCatcatc < 1:1107724/100‑1 (MQ=255) cTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCatcatc < 1:215671/100‑1 (MQ=255) cTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCatcatc > 2:2694271/1‑100 (MQ=255) tACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCg > 1:2295545/1‑100 (MQ=255) tACATGATGGCCGACCCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCg > 2:1240662/1‑100 (MQ=255) 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1:1060600/1‑100 (MQ=255) gatgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCTAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACg < 2:1180869/100‑1 (MQ=255) gatgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACg > 2:1342656/1‑100 (MQ=255) gatgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACg < 1:2148298/100‑1 (MQ=255) tgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGcc < 2:74237/100‑1 (MQ=255) tgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGcc < 2:665265/100‑1 (MQ=255) ggCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCa > 2:2134009/1‑100 (MQ=255) gACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCa > 1:579475/1‑100 (MQ=255) 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1:2048908/100‑1 (MQ=255) tGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCCCCGCGAACTTCCGt > 1:1140839/1‑100 (MQ=255) tGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGt < 1:1973087/100‑1 (MQ=255) tGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGt < 1:1562021/100‑1 (MQ=255) tGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGt < 1:1556253/100‑1 (MQ=255) tGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGt < 1:1554121/100‑1 (MQ=255) ggTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTg < 1:16195/100‑1 (MQ=255) ggTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTg < 1:2021838/100‑1 (MQ=255) ggTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTg < 2:1007122/100‑1 (MQ=255) ggTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTg > 2:1939068/1‑100 (MQ=255) gTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGa > 1:73818/1‑100 (MQ=255) gTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGa > 1:1082813/1‑100 (MQ=255) | AAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGA > NC_000913/4187454‑4187643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |