| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,248,180 | A→C | 62.4% | R136S (AGA→AGC) | yqjA → | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,248,180 | 0 | A | C | 62.4% | 104.8 / 98.1 | 98 | R136S (AGA→AGC) | yqjA | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/24); new base C (26/35); total (39/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTG > NC_000913/3248083‑3248276 | ctcATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCac < 1:1563894/100‑1 (MQ=255) cATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAacac > 2:951339/1‑100 (MQ=255) tttACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACActg < 1:1196324/100‑1 (MQ=255) ttACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACAct < 2:1529861/98‑1 (MQ=255) aCCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACActgctg < 1:1137081/100‑1 (MQ=255) cccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACtgctgc > 2:1157105/1‑100 (MQ=255) cccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACtgctgc < 1:422933/100‑1 (MQ=255) cccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACtgctgc > 2:2461713/1‑100 (MQ=255) cccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACtgctgc > 1:1635003/1‑100 (MQ=255) cccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCATTATTGCGTTTGTCAGCACACtgctgc > 2:594570/1‑100 (MQ=255) ccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGcc > 2:2224948/1‑100 (MQ=255) cgcATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCcgac < 1:2646854/100‑1 (MQ=255) cgatctatcaACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGAt < 1:1435057/94‑1 (MQ=255) aTTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGAt < 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tcaACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCggg > 2:1191675/1‑100 (MQ=255) caACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGt > 2:313644/1‑100 (MQ=255) aaCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGtt > 2:444984/1‑100 (MQ=255) aaCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGtt < 1:1836312/100‑1 (MQ=255) aaCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGtt < 1:1564798/100‑1 (MQ=255) aaCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGtt < 2:1126255/100‑1 (MQ=255) aCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTa < 1:443283/100‑1 (MQ=255) aCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTa > 2:931956/1‑100 (MQ=255) aCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTa < 2:345760/100‑1 (MQ=255) cgcgCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTAt < 2:2578795/100‑1 (MQ=255) acacCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAggg < 2:975447/100‑1 (MQ=255) acCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCt < 1:563416/100‑1 (MQ=255) acCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAACCAATCGCATTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGc > 2:604126/1‑99 (MQ=255) cATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGa < 2:429075/100‑1 (MQ=255) cATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGa > 1:1571136/1‑100 (MQ=255) aTCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGGCGCTTTATTGCGGTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGaa < 2:330026/100‑1 (MQ=255) cTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATa > 2:1418171/1‑100 (MQ=255) ttttCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATa > 2:1669567/1‑98 (MQ=255) ttCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgc > 2:2214024/1‑100 (MQ=255) tCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcg > 1:2730144/1‑100 (MQ=255) tCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcg > 1:2620415/1‑100 (MQ=255) cATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcgc > 2:1870879/1‑100 (MQ=255) cATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcgc > 1:458275/1‑100 (MQ=255) cATAAACACGGTTTAACGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGACGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcgc > 2:1870868/1‑100 (MQ=255) ttAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGTCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcgcg < 2:1474974/99‑1 (MQ=255) tAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcgcga > 1:1474980/1‑99 (MQ=255) aaCACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCtt < 1:2427397/100‑1 (MQ=255) acGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCa < 2:1940971/100‑1 (MQ=255) acGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCa < 1:185484/100‑1 (MQ=255) cGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAg > 1:2532600/1‑100 (MQ=255) cGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAg < 1:462174/100‑1 (MQ=255) ggTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGt > 2:1312283/1‑100 (MQ=255) ggTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGt > 2:756546/1‑100 (MQ=255) ggTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGt > 2:624871/1‑100 (MQ=255) ggTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGt < 2:937869/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGtttt < 1:1413603/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGtttt < 2:532620/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCAAACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGtttt < 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tCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCa < 1:20837/100‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCa < 2:1035566/100‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCa < 1:1698136/100‑1 (MQ=255) cgcTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTg < 1:945350/100‑1 (MQ=255) cgcTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTg < 2:1825049/100‑1 (MQ=255) tGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGAt > 1:1578125/1‑100 (MQ=255) tGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGAt < 1:165280/100‑1 (MQ=255) gTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGTGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATg < 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2:183913/1‑100 (MQ=255) tGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTa > 2:1389425/1‑100 (MQ=255) tGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTa > 2:894612/1‑100 (MQ=255) gTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTg < 2:2124999/100‑1 (MQ=255) tttGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGa > 2:2683005/1‑100 (MQ=255) ttGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGAt < 2:2594359/100‑1 (MQ=255) tGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATc < 1:964622/100‑1 (MQ=255) ctCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGa < 1:1639884/96‑1 (MQ=255) cAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTg > 2:1856293/1‑100 (MQ=255) cAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTg < 2:182722/100‑1 (MQ=255) | CTCATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTG > NC_000913/3248083‑3248276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |