| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,248,180 | A→C | R136S (AGA→AGC) | yqjA → | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,248,180 | 0 | A | C | 93.5% | 208.8 / 3.6 | 62 | R136S (AGA→AGC) | yqjA | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base C (33/25); total (35/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
ATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTG > NC_000913/3248086‑3248276 | acttACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACAct < 2:1367242/98‑1 (MQ=255) cccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACtgctgc > 2:969251/1‑100 (MQ=255) ccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGcc < 1:660510/100‑1 (MQ=255) ccGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGcc < 1:1386358/100‑1 (MQ=255) gcgcATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCcga > 1:1546810/1‑100 (MQ=255) cactATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCcgacga > 2:559875/4‑100 (MQ=255) cATTCTCATCCACGCGCACACCATCTTTTTCGTAAACAGGGTTTATCGGAGATGTTAATTCGTGGCTGTCTTGCGTTTGTCCGCACTCTGCTGcc > 1:762309/1‑95 (MQ=255) cATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCcgacga > 2:913489/1‑100 (MQ=255) tATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTg < 1:1142900/100‑1 (MQ=255) caACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCggg > 1:441106/1‑99 (MQ=255) caACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGt > 1:602295/1‑100 (MQ=255) aaCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGtt > 1:1406664/1‑100 (MQ=255) aaCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGtt < 1:328676/100‑1 (MQ=255) aCGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTa < 2:559667/100‑1 (MQ=255) gcACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAg > 2:822868/1‑100 (MQ=255) cacaCCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAgg < 1:1080294/100‑1 (MQ=255) cacCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGc > 2:1284272/1‑100 (MQ=255) acCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCt > 1:1359737/1‑100 (MQ=255) cATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGa < 2:1469381/100‑1 (MQ=255) aTCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGaa > 1:508114/1‑100 (MQ=255) tCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAAt > 1:684700/1‑100 (MQ=255) ttttCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAc < 2:371542/100‑1 (MQ=255) ttCTTAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGTCGATTGTCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcg < 1:755040/99‑1 (MQ=255) ttCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgc > 1:408862/1‑100 (MQ=255) aTAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAAcgcgcg > 2:996124/1‑100 (MQ=255) aaaCACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCt > 2:855880/1‑100 (MQ=255) aaCACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCtt > 2:1564591/1‑100 (MQ=255) aaCACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCtt < 2:484762/100‑1 (MQ=255) aaCACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCt > 1:1536333/1‑99 (MQ=255) cacGGTTTATCGGCGCCGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTc < 1:996120/100‑1 (MQ=255) cGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAg > 2:1016627/1‑100 (MQ=255) ggTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGt > 2:872291/1‑100 (MQ=255) gTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGtt < 1:1284266/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGtttt < 1:840175/100‑1 (MQ=255) aTCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTc < 1:1562303/100‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCa < 2:37205/100‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCa < 1:1061804/100‑1 (MQ=255) gccgcTGTTAAATGGTCGCTTTATTGCGGGTGGCAGCACACTACTTCCTACGATGGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCTCGCTTTCAGTGTTTCAAc > 1:992581/3‑100 (MQ=255) cgcTGTTAATCGGTCGCTTTGTTGGGTTTGTTATCATACTTCGTCCGTCGATTGCCTGGTTATCAGGGCTGAATAGCCCAGGTTTTTAGTTTTTCAACTg < 1:990248/100‑1 (MQ=255) cTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGa < 2:423361/100‑1 (MQ=255) gTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATg > 2:789500/1‑100 (MQ=255) gatctGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAg < 2:1348877/96‑1 (MQ=255) gaTTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCACCTGGATGAGc > 1:283696/2‑100 (MQ=255) aaTTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGc > 2:29413/1‑100 (MQ=255) aTTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCg < 2:761738/100‑1 (MQ=255) tGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCGGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCgg < 1:1535470/99‑1 (MQ=255) ggTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGCATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGCGCGGTc > 1:63060/1‑100 (MQ=255) ggTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAgagatc > 1:1348871/1‑95 (MQ=255) gTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTct > 2:1344897/1‑100 (MQ=255) gTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTct > 1:1080538/1‑100 (MQ=255) gCTTTATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTctgct > 1:1270772/1‑100 (MQ=255) tATTGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTAAACCGGATGAGCGGTCTGCTGTgg < 1:76845/100‑1 (MQ=255) tGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTa > 2:866604/1‑100 (MQ=255) tGCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTa > 1:584438/1‑100 (MQ=255) gCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTAt > 1:1550366/1‑100 (MQ=255) gCGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTAt < 1:373407/100‑1 (MQ=255) cGTTTGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTAtt < 2:1546817/100‑1 (MQ=255) gTTTGTCAGCACACTGCTGCCAACGATTGCCGGGTTATCAGGACTGAATAACGCGCGCTTTAAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTACTGTGGGTAtt > 1:1447511/1‑99 (MQ=255) tttGTCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGa < 2:1080544/100‑1 (MQ=255) tCAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCt < 1:866602/100‑1 (MQ=255) cAGCACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTCTTGATCCTg > 1:1350576/1‑100 (MQ=255) cAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTg > 2:598030/1‑100 (MQ=255) | ATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATCGGCGCTGTTAATTGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTG > NC_000913/3248086‑3248276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |