| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4132351 = | NA (NA) | 5 (0.040) | 4/162 | NT | NA | noncoding (5/34 nt) | REP306 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP306 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 4132381 = | NA (NA) | intergenic (+114/‑235) | metL/metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase | |||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
GGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTT > NC_000913/4132252‑4132449 | ggaagatgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttg < 2:239419‑M1/1‑1 (MQ=255)ggaagatgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttg < 2:775655‑M1/1‑1 (MQ=255)ggCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAgg < 2:3185522/100‑1 (MQ=255)ggCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAgg > 2:3602212/1‑100 (MQ=255) gaggatgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttGc > 2:31062‑M1/99‑100 (MQ=255) gaagatgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttGc < 2:2924954‑M1/2‑1 (MQ=255) cacaGTTGTTGTGATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGcc < 1:1365478/100‑1 (MQ=255) cacaGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGcc < 2:2669920/100‑1 (MQ=255) aagatgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttGc < 1:2759681‑M1/2‑1 (MQ=255) gatgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttGCCgg < 1:1544623‑M1/5‑1 (MQ=255) caGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCgg < 1:1009733/100‑1 (MQ=255) aGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGa > 2:3267375/1‑100 (MQ=255) aGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGCGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTTTCATCGGATTAGCCCGGa > 2:3395954/1‑100 (MQ=255) aGTTGTCGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGa > 1:1740099/1‑100 (MQ=255) tgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttGCCGGAt < 2:1740107‑M1/7‑1 (MQ=255) tgaaaaaacttcaggatggtaagaaaaagaaaatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttGCCGGAt < 2:3722220‑M1/7‑1 (MQ=255) gttgttGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGAt > 2:1278659/1‑100 (MQ=255) gttgtAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTaa > 1:678355/1‑100 (MQ=255) ttgtAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAg > 1:1130934/1‑100 (MQ=255) tgtAATTTCAGAAATTTAATGATGCCCTGTACACATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAAAATATTGCATTATCATAGGATGAGGCCGGATTAAg < 1:200953/99‑1 (MQ=255) tgtAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGc < 1:3045166/100‑1 (MQ=255) tgtAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGc > 2:1939541/1‑100 (MQ=255) gtAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCg < 1:7037/100‑1 (MQ=255) aTTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGttt > 1:2924931/1‑100 (MQ=255) tttCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTa < 2:3636928/100‑1 (MQ=255) ttCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTac > 1:665323/1‑100 (MQ=255) cAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacga > 2:914874/1‑100 (MQ=255) cAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacga > 1:792214/1‑100 (MQ=255) cAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCCGATTAAGCGTTTacga > 1:2267960/1‑100 (MQ=255) aGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacgac > 1:1374968/1‑100 (MQ=255) aGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacgac < 2:1057794/100‑1 (MQ=255) aGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacgac > 1:3554029/1‑100 (MQ=255) gAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacgacg < 1:3244566/100‑1 (MQ=255) ttAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATcc > 2:1299583/1‑100 (MQ=255) taataaTGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCg > 1:125278/1‑100 (MQ=255) aatGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaa < 2:1545018/100‑1 (MQ=255) atGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaa > 1:2667356/1‑99 (MQ=255) aagaaaatcgggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttattgcttcttGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGc > 1:3278767‑M1/68‑97 (MQ=255) gCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaagaa > 2:1876427/1‑100 (MQ=255) ccGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGc < 2:37849/100‑1 (MQ=255) cGGTATTTATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaagaag < 2:3234992/98‑1 (MQ=255) aatccggtatgcaaagcaaaccggactgcaaatataaactaaccatgtacttaatgcttcttGCCGGATTAAGCGTTTACGACAAATCCGGCAAGAAGc > 1:1533025‑M1/63‑99 (MQ=255) tACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATa < 1:2098932/100‑1 (MQ=255) aCTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATaa < 1:2838375/100‑1 (MQ=255) cTCCTGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGTATTAGGCCGGATTAAGAGTTTACTACGAATCCGGCAAGAAGCAATa > 1:715788/1‑98 (MQ=255) cTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAg < 2:3200476/100‑1 (MQ=255) cTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAg < 2:835064/100‑1 (MQ=255) cTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAg < 1:168432/100‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGt < 2:1818150/100‑1 (MQ=255) tCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCAGCAAGAAGCAATAAGt > 2:2847231/1‑100 (MQ=255) cATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTa > 1:1309905/1‑100 (MQ=255) tGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACa < 1:859127/100‑1 (MQ=255) gTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATGTATTGAATTAGCATAGGATTAGGCTGGATTAAACGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTa > 1:457718/1‑97 (MQ=255) ttCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGt > 1:1774759/1‑100 (MQ=255) ttCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGt < 1:3805229/100‑1 (MQ=255) tCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGtt > 1:296411/1‑100 (MQ=255) cGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAgatcggaagag > 1:3276143/1‑90 (MQ=255) cGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTa > 1:2138870/1‑100 (MQ=255) gggTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAg > 2:902332/1‑100 (MQ=255) ggTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGt < 1:338335/100‑1 (MQ=255) tGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTatat < 1:643115/100‑1 (MQ=255) ggTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATAtt > 2:1449496/1‑100 (MQ=255) ggTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGCATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCTGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATAtt < 1:1400055/100‑1 (MQ=255) gTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATAttt > 2:564344/1‑100 (MQ=255) tttCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTg < 2:1130942/100‑1 (MQ=255) tCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCa < 2:792220/100‑1 (MQ=255) 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1:1111681/100‑1 (MQ=255) gAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGtttgctttgc > 1:804960/1‑100 (MQ=255) gAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGtttgctttgc < 2:3049490/100‑1 (MQ=255) gAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGtttgctttgc > 1:2321867/1‑100 (MQ=255) tATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATa < 1:1730761/99‑1 (MQ=255) tATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATAc > 1:1518112/1‑100 (MQ=255) aTCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATAcc > 2:2486669/1‑100 (MQ=255) cATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTCTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCgg > 2:3366484/1‑100 (MQ=255) aTAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGa > 1:626360/1‑100 (MQ=255) ggATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGAttt < 1:3633121/100‑1 (MQ=255) ggCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGAttttctttt > 2:650871/1‑100 (MQ=255) ggCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGAttttctttt < 1:516231/100‑1 (MQ=255) | GGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTT > NC_000913/4132252‑4132449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |