| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | NC_000913 | 3,815,859 | Δ82 bp | 100% | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815859 | 3815940 | 82 | 164 [0] | [1] 163 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815858 | 0 (0.000) | 136 (1.100) | 75/158 | NT | 99.6% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815941 = | 1 (0.010) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
AGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCT > NC_000913/3815844‑3816040 | gtttcatgcgttcgctcctcttcttactatacaaaaaacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCg < 1:2534408‑M2/2‑1 (MQ=255)gtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGt > 1:1980802‑M2/98‑100 (MQ=255) gccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgccgtagatcgg > 1:3384004‑M2/91‑93 (MQ=255) gccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGc < 2:212682‑M2/10‑1 (MQ=255) ccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCt > 1:2550557‑M2/90‑97 (MQ=255) cttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCAc > 2:1370161‑M2/89‑100 (MQ=255) cgctcctaatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTc > 2:2037521‑M2/86‑100 (MQ=255) tcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCTTGCTCTTCAat < 1:2037506‑M2/18‑1 (MQ=255) tcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAat < 2:1248021‑M2/18‑1 (MQ=255) ccccatcttacttatctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTc < 1:3667214‑M2/15‑1 (MQ=255) ctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatga < 2:2558882‑M2/20‑1 (MQ=255) catcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgatg > 1:3628905‑M2/79‑100 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcggcgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGcc < 2:2741707‑M2/26‑1 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGcc < 2:276218‑M2/26‑1 (MQ=255) tacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGccc > 2:3711533‑M2/74‑100 (MQ=255) cttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGt > 2:1109298‑M2/72‑100 (MQ=255) cttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGt > 2:1956510‑M2/72‑100 (MQ=255) ttctacagacaaaataaaggcgcctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCtt < 1:2438087‑M2/32‑1 (MQ=255) tctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTc > 2:2159247‑M2/68‑100 (MQ=255) ctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCGCCTGCACTTCAATGAGGCGCCCGTCTTCg < 1:392676‑M2/34‑1 (MQ=255) ctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg > 2:105297‑M2/67‑100 (MQ=255) acagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTTCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGt > 2:3676640‑M2/65‑100 (MQ=255) cagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtc < 2:779215‑M2/37‑1 (MQ=255) agacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtca < 2:426894‑M2/38‑1 (MQ=255) nacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 1:1640545‑M2/62‑100 (MQ=255) gacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 1:2808598‑M2/62‑100 (MQ=255) gacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 1:134054‑M2/62‑100 (MQ=255) gacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtca > 2:1837723‑M2/62‑99 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatc < 1:3192064‑M2/40‑1 (MQ=255) caaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:3373137‑M2/60‑100 (MQ=255) caaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:303787‑M2/60‑100 (MQ=255) caaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:1637682‑M2/60‑100 (MQ=255) caaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:2267806‑M2/60‑100 (MQ=255) caaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatc < 2:893612‑M2/40‑1 (MQ=255) atttttaaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTGACCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCAc > 1:913921‑M2/59‑100 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCAc > 1:1276134‑M2/59‑100 (MQ=255) tttaaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAc > 1:3453469‑M2/56‑100 (MQ=255) aaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAc < 1:3083658‑M2/45‑1 (MQ=255) ttaaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACg > 2:1057283‑M2/55‑100 (MQ=255) aaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACg < 1:2521939‑M2/46‑1 (MQ=255) taaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGt > 2:662303‑M2/54‑100 (MQ=255) taaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGt > 2:1447605‑M2/54‑100 (MQ=255) taaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACGTCCATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACg > 1:2787901‑M2/54‑99 (MQ=255) aaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgtcagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGtt > 2:2606250‑M2/53‑100 (MQ=255) aaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGtt > 2:900704‑M2/53‑100 (MQ=255) aaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGtt > 1:1490083‑M2/53‑100 (MQ=255) aaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGtt > 1:3817381‑M2/53‑100 (MQ=255) aaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGtt > 2:2949233‑M2/53‑100 (MQ=255) aggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc > 2:697870‑M2/52‑100 (MQ=255) aggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATACGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc < 1:3660980‑M2/49‑1 (MQ=255) ggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCa > 2:2288471‑M2/51‑100 (MQ=255) ggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCa < 1:2888343‑M2/50‑1 (MQ=255) actcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTc > 2:233772‑M2/47‑100 (MQ=255) ctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCg < 2:2452813‑M2/55‑1 (MQ=255) tcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCgg < 1:2396196‑M2/56‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |