| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,657,603 | T→A | 18.4% | intergenic (+36/‑763) | hdeD → / → gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,657,603 | 0 | T | A | 18.4% | 447.0 / 90.6 | 185 | intergenic (+36/‑763) | hdeD/gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/75); new base A (22/12); total (98/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCT > NC_000913/3657504‑3657702 | tGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAt > 2:275231/1‑100 (MQ=255) gAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAtg > 2:1368355/1‑100 (MQ=255) tGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGAc < 2:193999/100‑1 (MQ=255) tGATAGTTCGCGCGGCCATCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATGAGCCCGGTGGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGAc < 1:3252300/100‑1 (MQ=255) gATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACt > 2:342282/1‑100 (MQ=255) gATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACt < 2:3259000/100‑1 (MQ=255) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTAt > 1:550146/1‑100 (MQ=255) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTAt > 2:2411215/1‑100 (MQ=255) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTAt < 1:2681708/100‑1 (MQ=39) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTAt < 2:2672123/100‑1 (MQ=39) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGCTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTAt < 1:1779113/100‑1 (MQ=38) atTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATg > 1:1721744/1‑100 (MQ=255) atTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATg > 2:3291556/1‑100 (MQ=255) atTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTATg < 2:1529645/100‑1 (MQ=39) tttAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGa > 1:3441229/1‑100 (MQ=255) ttAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGAt < 2:2935211/100‑1 (MQ=255) ttAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTATGAt < 2:86781/100‑1 (MQ=38) tAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTGACCGGGATCATAGTCACTTGATGTGACTAt > 1:2429739/1‑96 (MQ=255) aGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATcc < 2:506999/100‑1 (MQ=255) aGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATcc > 1:2942268/1‑100 (MQ=255) aGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATcc < 1:918990/100‑1 (MQ=255) 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2:3002009/1‑100 (MQ=255) gTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATActctct > 2:1646539/1‑100 (MQ=255) aGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGc > 1:638338/1‑100 (MQ=255) gCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCt < 1:338377/100‑1 (MQ=255) tCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACg > 1:123601/1‑100 (MQ=255) gCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCa > 2:2536435/1‑100 (MQ=255) gCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAGCATAGTCACTTGATGTGACCATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCa > 1:3722117/1‑100 (MQ=255) ccAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAg < 1:75927/100‑1 (MQ=255) gTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAgtgt < 2:2254326/100‑1 (MQ=255) gTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAgtgt > 2:1716695/1‑100 (MQ=255) gTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAgtgt < 1:1163382/100‑1 (MQ=255) tGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGtgttgt > 1:1618094/1‑100 (MQ=255) tGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGtgttat > 1:1310521/1‑98 (MQ=255) gTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTa < 1:306122/100‑1 (MQ=255) gTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTa < 2:2478342/100‑1 (MQ=255) gTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATAAACCGATTAATAATATCTCCGCTACGCAGTGTTGTa > 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gcagcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTg < 2:1907086/100‑1 (MQ=255) gcagcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTg > 1:2321760/1‑100 (MQ=255) cagcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgc < 1:388020/100‑1 (MQ=255) cagcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgc < 2:3378845/100‑1 (MQ=255) agcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcg < 1:3815701/100‑1 (MQ=255) agcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATAATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcg > 1:1052347/1‑100 (MQ=255) gggataatGAGCCCGGTTGGCGCCCGGATCATAGTCGCTTGATGGGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATGAATTgcgc < 1:3045526/97‑1 (MQ=255) gcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcgc < 1:2909598/100‑1 (MQ=255) gcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcgc < 2:2063271/100‑1 (MQ=255) gcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcgc < 1:580144/100‑1 (MQ=255) caATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCa > 1:2779584/1‑100 (MQ=255) aatTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTAt > 1:1945527/1‑100 (MQ=255) atTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATc < 2:1823448/100‑1 (MQ=255) tACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCAt > 1:782859/1‑100 (MQ=255) cccccGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCAtt < 1:570084/99‑1 (MQ=255) 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1:2462470/1‑100 (MQ=255) aTAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGa > 2:223252/1‑100 (MQ=39) tAGTCACATCAAGTGACTATGCTCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGat > 1:3026094/1‑100 (MQ=255) aGTCGCTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCAGCTACGCAGAGTTGTAGATGAATTGCGCACTATGATTGCCATAATTACCTGCTa > 2:1168459/1‑94 (MQ=255) aGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGatt > 1:1014910/1‑100 (MQ=255) cTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGAGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGattatt > 1:1420084/1‑98 (MQ=255) tGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCaa > 1:1031444/1‑100 (MQ=255) tGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCaa < 1:2822129/100‑1 (MQ=255) gATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAAc < 2:3521043/100‑1 (MQ=255) gATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAAc > 2:1549120/1‑100 (MQ=255) aTGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCaa > 1:1371078/1‑98 (MQ=255) tgtgACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCt > 2:3313250/1‑100 (MQ=255) | TGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCT > NC_000913/3657504‑3657702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |