| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,790,300 | A→T | 16.5% | intergenic (‑219/+20) | waaH ← / ← tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,790,300 | 0 | A | T | 16.5% | 421.9 / 76.4 | 171 | intergenic (‑219/+20) | waaH/tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/66); new base T (15/13); total (92/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-02 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGA > NC_000913/3790201‑3790399 | tGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGa < 1:1667494/100‑1 (MQ=255) gagCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATa < 2:2581525/100‑1 (MQ=255) gcagcTATATAAGAGAGCAGCACAATTAGCAACTCTTTATTACACTGACAGGCAGTTACATATTTAACAGAGTATTCTCAGATCAAAGGGCTGGAATa < 1:3855626/98‑1 (MQ=255) cagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTGCATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCa > 1:2475173/1‑100 (MQ=255) gcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGc > 2:1649776/1‑100 (MQ=255) gcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGc > 1:46453/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |