Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 721,009 | T→A | 15.3% | intergenic (+169/+47) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 721,009 | 0 | T | A | 15.3% | 528.2 / 77.4 | 189 | intergenic (+169/+47) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/102); new base A (19/10); total (77/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
ATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGC > NC_000913/720910‑721108 | aTCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttatt > 2:3016413/1‑100 (MQ=255) tCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttatta < 1:2733042/100‑1 (MQ=255) cAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattat > 1:249413/1‑100 (MQ=255) tCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTAc < 1:810327/100‑1 (MQ=255) tCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCAGTATttattatta > 1:1480830/1‑99 (MQ=255) cTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACg < 2:1392677/100‑1 (MQ=255) 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tttattATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCg < 1:2303179/100‑1 (MQ=255) ttattaCGGCTTTCATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAGAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGACAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGttg > 1:2392619/1‑97 (MQ=37) ttattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTggg > 1:2947461/1‑100 (MQ=255) tattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGACAATACCAGTATCAGTAATGAAATGGCGt > 1:1302748/1‑96 (MQ=255) | ATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGC > NC_000913/720910‑721108 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |