Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_000913 721,009 T→A 15.3% intergenic (+169/+47) ybfK → / ← kdpE uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_000913721,0090TA15.3% 528.2 / 77.4 189intergenic (+169/+47)ybfK/kdpEuncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (58/102);  new base A (19/10);  total (77/112)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01

Only 100 of 206 total aligned reads displayed.

ATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGC  >  NC_000913/720910‑721108
                                                                                                   |                                                                                                   
aTCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttatt                                                                                                     >  2:3016413/1‑100 (MQ=255)
 tCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttatta                                                                                                    <  1:2733042/100‑1 (MQ=255)
  cAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattat                                                                                                   >  1:249413/1‑100 (MQ=255)
     tCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTAc                                                                                                <  1:810327/100‑1 (MQ=255)
     tCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCAGTATttattatta                                                                                                 >  1:1480830/1‑99 (MQ=255)
      cTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACg                                                                                               <  2:1392677/100‑1 (MQ=255)
       ttAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACgg                                                                                              >  1:2672078/1‑100 (MQ=255)
        tAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGc                                                                                             <  1:585757/100‑1 (MQ=255)
        tAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGc                                                                                             <  2:693286/100‑1 (MQ=255)
        tAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGc                                                                                             <  1:1850367/100‑1 (MQ=255)
         aaTTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCt                                                                                            <  2:324204/100‑1 (MQ=255)
         aaTTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCt                                                                                            >  1:3467907/1‑100 (MQ=255)
         aaTTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCt                                                                                            <  1:1758549/100‑1 (MQ=255)
         aaTTTATATAATGATGTGCTTTTTACTAGGTAATATAAAATATTAAATGTTTATTTGTGTGTGTTGTTTAAGATAACAAGCTGTATTTATTATTAccg                                                                                              <  1:3786104/98‑3 (MQ=255)
            ttatttaGTGATGAGCTTTTTAGTAAGTAATATAAAATATGAAATTGTTATTATTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTAATAATAAATACGGCtttt                                                                                         <  1:913630/100‑2 (MQ=25)
            ttatttaATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTAATAATAAATACGGCtttt                                                                                         <  2:1726321/100‑2 (MQ=38)
              atttaATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaat                                                                                       >  2:1560693/1‑100 (MQ=255)
               tttaATGATGAGCTTTTTACTCCGTAATATACAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTAATAATAAATACGGCtttttat                                                                                      <  1:2613080/100‑5 (MQ=37)
               tttaATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaatt                                                                                      <  1:2097595/100‑1 (MQ=255)
                ttaATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaatta                                                                                     >  2:2097610/1‑100 (MQ=255)
                ttaATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaatta                                                                                     <  2:853977/100‑1 (MQ=255)
                 taATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaattaa                                                                                    >  2:1669077/1‑100 (MQ=255)
                 taATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaattaa                                                                                    <  2:3358865/100‑1 (MQ=255)
                 taATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaattaa                                                                                    <  2:2661792/100‑1 (MQ=255)
                 taATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTAATAATAAATACGGCtttttatct                                                                                    <  2:2771319/100‑7 (MQ=37)
                 taATGATGAGCTTTTTACTCAGTAAGATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGGGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaattaa                                                                                    <  1:1154126/100‑1 (MQ=255)
                  aaTGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTTTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAAATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTttaattaa                                                                                    <  1:1990963/99‑1 (MQ=255)
                  aaTGATAAGCTTTTTACTCAGAAAGATAAAATATTGAATAGTTATTATTGTGTGTTATTTAAGATAAAAAGCCGTAATAATAAATACGGCtttttat                                                                                      <  1:2974784/97‑5 (MQ=21)
                    tgatgaGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATtaata                                                                                  <  1:501410/99‑1 (MQ=255)
                     gatgaGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCtttttatcttaaa                                                                                >  2:2226136/1‑90 (MQ=255)
                       tgaGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAag                                                                              <  1:393857/100‑1 (MQ=255)
                        gaGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAagg                                                                             <  1:491806/100‑1 (MQ=255)
                         aGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggc                                                                            >  1:1021181/1‑100 (MQ=255)
                         aGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggc                                                                            <  1:1033302/100‑1 (MQ=255)
                         aGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggc                                                                            >  1:207875/1‑100 (MQ=255)
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                          gCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggca                                                                           <  2:53954/100‑1 (MQ=255)
                          gCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggca                                                                           >  2:2459418/1‑100 (MQ=255)
                          gCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggc                                                                            <  1:1768949/99‑1 (MQ=255)
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                             ttttACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTTTTTTTGCGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggcaggc                                                                        <  1:2720103/100‑1 (MQ=255)
                                  cTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTTTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGTTTTAATTAATAAAAGGCATGCTGTAt                                                                   >  1:649755/1‑100 (MQ=255)
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                                                    tGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAg                                                 <  1:24754/100‑1 (MQ=255)
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                                                     gAATTGTTATTTTTTTGTTTTTTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTTAAAGc                                                >  1:3303588/1‑100 (MQ=255)
                                                      aaTTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGc                                                <  2:366712/99‑1 (MQ=255)
                                                      aaTTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAAGAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCa                                               <  1:2158702/100‑1 (MQ=255)
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                                                          gTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATaaa                                           >  2:1964198/1‑100 (MQ=255)
                                                          gTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATaaa                                           >  2:3413700/1‑100 (MQ=255)
                                                           ttATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAAc                                          >  1:3213147/1‑100 (MQ=255)
                                                           ttATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAAc                                          <  1:316234/100‑1 (MQ=255)
                                                            tATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAAcc                                         <  1:1053584/100‑1 (MQ=255)
                                                                  tgtgtgTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGc                                   <  1:1722634/100‑1 (MQ=255)
                                                                   gtgtgtTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGcc                                  <  1:3820709/100‑1 (MQ=255)
                                                                   gtgtgtTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTCTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGcc                                  <  2:2732556/100‑1 (MQ=255)
                                                                   gtgtgtCGGTTGAGGTAAGAAGACGAGTTTATTATTACGGCTTTAATTCATAAAAGAAAGGCTGAATTAAAATTGATAGTCAGGGCATAGACCGATAgg                                   <  1:3781623/99‑2 (MQ=255)
                                                                            ttAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGt                         <  2:3467935/100‑1 (MQ=255)
                                                                             tattaattaaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGtt                        >  2:1447965/9‑100 (MQ=25)
                                                                              attaattaaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTGATTAATAAAACGCAGGCTGTATTAAAATGAATATTAAAAGCATAAACCGATATCCAATAc                             >  1:2335502/8‑94 (MQ=18)
                                                                              attaattaaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGttt                       >  1:152683/8‑100 (MQ=37)
                                                                              attaattaaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGttt                       >  2:3514787/8‑100 (MQ=25)
                                                                               aGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTc                      >  2:388697/1‑100 (MQ=255)
                                                                               aGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTc                      <  1:325117/100‑1 (MQ=255)
                                                                                gATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCa                     <  2:1236833/100‑1 (MQ=255)
                                                                                 aaaaaaaGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAg                    <  1:3319909/98‑1 (MQ=255)
                                                                                 aTAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAg                    <  2:44484/100‑1 (MQ=255)
                                                                                 aTAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAg                    <  1:362425/100‑1 (MQ=255)
                                                                                  tAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAgn                   <  1:3416399/100‑2 (MQ=255)
                                                                                  tAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGt                   <  2:3845180/100‑1 (MQ=255)
                                                                                  tAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGt                   <  2:3795230/100‑1 (MQ=255)
                                                                                  attaaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGt                   >  2:2285004/4‑100 (MQ=37)
                                                                                  attaaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTAAAAAAATAAACGGATAGCCAATACCGCttt                       >  1:1883509/4‑96 (MQ=25)
                                                                                    taaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTaa                 >  2:3404263/2‑100 (MQ=37)
                                                                                    taaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTaa                 >  2:248050/2‑100 (MQ=37)
                                                                                    aaaaGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTaa                 >  1:3797506/1‑100 (MQ=255)
                                                                                     aaaGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTaa                 >  1:757266/1‑99 (MQ=255)
                                                                                     aaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAAt                >  1:3067794/1‑100 (MQ=37)
                                                                                     aaaGCCGTAATAATAAATACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAAt                >  2:3589918/1‑100 (MQ=37)
                                                                                      aaGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGtttatgctttg               <  2:1597561/100‑9 (MQ=255)
                                                                                         ccGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGaaa            <  2:3049275/100‑1 (MQ=255)
                                                                                             atttattATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGc        >  2:3265333/1‑100 (MQ=255)
                                                                                              tttattATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCg       <  1:2303179/100‑1 (MQ=255)
                                                                                                  ttattaCGGCTTTCATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAGAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGACAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGttg    >  1:2392619/1‑97 (MQ=37)
                                                                                                  ttattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTggg   >  1:2947461/1‑100 (MQ=255)
                                                                                                   tattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGACAATACCAGTATCAGTAATGAAATGGCGt      >  1:1302748/1‑96 (MQ=255)
                                                                                                   |                                                                                                   
ATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGC  >  NC_000913/720910‑721108

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: