| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 478,757 | T→C | 15.9% | intergenic (‑140/+24) | ylaB ← / ← ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 478,757 | 0 | T | C | 15.9% | 351.5 / 56.0 | 153 | intergenic (‑140/+24) | ylaB/ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/62); new base C (15/9); total (82/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTT > NC_000913/478658‑478856 | gATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGGGGTAGGGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGGAGAGCtt > 1:3615330/1‑100 (MQ=255) gtgGAAACAGCCTGGATGGAAATAAGTAGGTAGATCTGGTATTTCATGTAGTGATGGGTGCTAACGATCATTGTCATTTTACTAGTCGCAGAGCTTTACg < 1:1315206/100‑1 (MQ=255) gtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACg > 2:2090600/1‑100 (MQ=255) gtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACg > 1:3577715/1‑100 (MQ=255) gtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACg > 2:1556207/1‑100 (MQ=255) gtgGAAAAAGGCTGGATGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACg < 2:3759282/100‑1 (MQ=255) 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1:1001193/1‑100 (MQ=255) gagaTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTaa > 2:2479682/1‑100 (MQ=255) aaGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTaa < 2:3352817/100‑1 (MQ=255) ggaggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAAcccagatcggaag > 2:1189080/1‑90 (MQ=255) gTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGtt < 2:3082192/100‑1 (MQ=255) gTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGtt < 2:1236163/100‑1 (MQ=255) gTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAAAGATCATTGTCATTTGAGCAGGCGCAGAGGTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTCAAGATGt > 1:2406054/1‑99 (MQ=255) tAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTg < 2:3615352/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |