| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 850,998 | G→A | 16.4% | intergenic (+33/+16) | ompX → / ← opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 850,998 | 0 | G | A | 16.4% | 354.1 / 55.7 | 153 | intergenic (+33/+16) | ompX/opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/58); new base A (8/17); total (78/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-02 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
AGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCC > NC_000913/850901‑851096 | aggagagCCGTATTCGTAGCGTTGACGGAGGAACCTGGATTGGCGGTGTTGGTTACCGCGTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCggg < 1:1630302/96‑1 (MQ=255) gCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGc < 2:2200871/100‑1 (MQ=255) cAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCg > 2:2659692/1‑100 (MQ=255) cAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCg < 2:2247575/100‑1 (MQ=255) catATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCTCTTTGGTGATATAAAAAGACCGCCCCTAGAGGCGGAtttt < 1:1193730/98‑1 (MQ=255) cGTATTCGTAGTGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAtttt < 1:478691/100‑1 (MQ=38) 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2:52879/100‑5 (MQ=37) tCGTAGCGTTGACGTACGAACCTGTATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTg < 1:3123548/97‑1 (MQ=255) gTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGttttt > 1:369443/1‑100 (MQ=255) aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCTGTGTTGGTTGCCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAttttttatatc < 1:1943063/98‑7 (MQ=25) aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTaa < 2:1900244/100‑1 (MQ=255) gCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAg < 2:1683112/100‑1 (MQ=255) gCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAg > 2:739387/1‑100 (MQ=255) cGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCgg > 2:538379/1‑100 (MQ=255) 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(MQ=255) cACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCGGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGaa > 1:1442149/1‑100 (MQ=255) aCCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGACATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGaaa < 2:662515/100‑1 (MQ=255) ggATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAata < 1:1189972/99‑1 (MQ=255) aTTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCg < 1:3331017/100‑1 (MQ=255) aTTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCg > 2:3815230/1‑100 (MQ=255) ttGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCgg < 2:1574395/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCgg < 2:441665/100‑1 (MQ=255) gCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGtt > 2:3648105/1‑100 (MQ=255) ccGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTc > 2:1327791/1‑100 (MQ=255) ggTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCg < 1:1725941/100‑1 (MQ=255) gtgtTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCga < 2:3325697/100‑1 (MQ=255) gtTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCgaga > 2:325659/1‑100 (MQ=255) gtTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCATCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTGAGGTTTCGGGTGGCAAATATCGGTTc > 1:3759823/1‑95 (MQ=255) gtTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCAGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCgaga > 1:727682/1‑100 (MQ=255) ttGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGAt < 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2:2111178/100‑1 (MQ=255) ccGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGCTGt > 1:144021/1‑100 (MQ=255) ccGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGt < 1:1290555/100‑1 (MQ=255) cGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGta < 1:1214634/100‑1 (MQ=255) cGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGta > 1:2166052/1‑100 (MQ=255) cGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCAAAAATATCGGTTCAGAATTAGTTGTAATCCACATTCTGTAACATAAAGTTGGTGATGta > 1:494534/1‑100 (MQ=255) gCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGtat > 2:1646304/1‑100 (MQ=255) ccTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGtata < 2:3779550/100‑1 (MQ=255) tctcGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATc > 1:2846125/1‑100 (MQ=255) tctcGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGCTTGAAAATATCGGTTCCGAGATTGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGAt < 1:1860802/93‑1 (MQ=255) ctcGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTGCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGtat < 1:1991313/96‑1 (MQ=255) ggggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGcc < 1:182396/100‑1 (MQ=255) | AGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCC > NC_000913/850901‑851096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |