| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,298,278 | T→A | 15.5% | intergenic (‑157/‑320) | adhE ← / → ychE | fused acetaldehyde‑CoA dehydrogenase/iron‑dependent alcohol dehydrogenase/pyruvate‑formate lyase deactivase/UPF0056 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,298,278 | 0 | T | A | 15.5% | 319.2 / 50.5 | 129 | intergenic (‑157/‑320) | adhE/ychE | fused acetaldehyde‑CoA dehydrogenase/iron‑dependent alcohol dehydrogenase/pyruvate‑formate lyase deactivase/UPF0056 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/54); new base A (10/10); total (65/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACA > NC_000913/1298179‑1298376 | tataGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGt > 2:2042249/1‑100 (MQ=255) taGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGTTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGtta < 1:1304695/100‑1 (MQ=255) taGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGtta < 1:1307379/100‑1 (MQ=255) taGTAAGTGACGTGATCATTTGCTTAACCTATGAAATTCTAAAGCGTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATGGATTAAAATAGCTTAAACAGGAGAGtta > 1:2610874/1‑100 (MQ=255) tCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGttatta < 1:2932018/100‑1 (MQ=255) tCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGttatta < 2:697019/100‑1 (MQ=255) 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1:1187194/100‑1 (MQ=255) tAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTAACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAg > 2:3623163/1‑100 (MQ=255) aaCCTACGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAgg < 2:173613/100‑1 (MQ=255) ccTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTg > 2:1092095/1‑100 (MQ=255) cTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTgg < 1:2729050/100‑1 (MQ=255) aTGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCg < 2:595584/100‑1 (MQ=255) aTGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCg > 2:1804300/1‑100 (MQ=255) tGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGt > 1:1611661/1‑100 (MQ=255) gAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTa < 2:3454085/100‑1 (MQ=255) gAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTa < 2:2448915/100‑1 (MQ=255) aaaaTCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTaa > 1:3402751/1‑100 (MQ=255) aaaaTCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTaa < 1:2082783/100‑1 (MQ=255) aaaTCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTCAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGACGTacg > 1:1778545/1‑98 (MQ=255) aaaTCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAg < 2:2429695/100‑1 (MQ=255) aaaTCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAg < 1:3717370/100‑1 (MQ=255) aaTCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGc > 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gagTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGa > 2:2553152/1‑100 (MQ=255) agTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGac > 1:3637437/1‑100 (MQ=255) gTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGaca > 1:682439/1‑100 (MQ=255) gTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGaca > 2:1035839/1‑100 (MQ=255) | TATAGTCAGTGCGGTGATGATTTGCTTAACCTATGAAAATCAAAAGCTTACTCGCGCTCACACTCACTGTGATTTACTAAAAGAGTTTAAACATTAGAGTTATTATCTCTAATGCGTCACTTCCAGGTGGCGTAAGCAAGATTACTCACTTCTGGGTACTGATTACGTGATCCAAATCAAATTTTTGCAAAGCTGACA > NC_000913/1298179‑1298376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |