| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,892,363 | A→G | 15.9% | Y291Y (TAT→TAC) | yoaA ← | putative ATP‑dependent helicase, DinG family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,892,363 | 0 | A | G | 15.9% | 319.1 / 49.9 | 143 | Y291Y (TAT→TAC) | yoaA | putative ATP‑dependent helicase, DinG family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/60); new base G (12/11); total (72/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CAGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCG > NC_000913/1892264‑1892461 | cAGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGTTGATTTGGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACTGCGa > 1:2389616/1‑100 (MQ=255)cAGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGa > 2:2902792/1‑100 (MQ=255) aGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGAt < 2:3728346/100‑1 (MQ=255) gTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGAt > 1:2127181/1‑99 (MQ=255) gTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATa < 2:287371/100‑1 (MQ=255) gCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTg > 2:3117031/1‑100 (MQ=255) ccACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTgg > 2:1802157/1‑100 (MQ=255) caaCGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCCTAGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGCATTCGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTgg < 1:3631342/98‑1 (MQ=255) cACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcg < 2:2322751/100‑3 (MQ=255) aCGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAATAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgt < 1:3286190/100‑4 (MQ=255) aCGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgt < 2:2727999/100‑4 (MQ=255) aCGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgt < 2:1778356/100‑4 (MQ=255) aCGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCt < 2:3788322/100‑1 (MQ=255) cGTCATAACACAGTTCCAGGGTCTTATCGAGCAGTAAAAATCCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgtg < 1:1360940/100‑5 (MQ=255) cGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgtg < 2:2785041/100‑5 (MQ=255) cGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgtg < 1:955067/100‑5 (MQ=255) cGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgtg < 1:2816318/100‑5 (MQ=255) cGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTgcgtg < 1:2163421/100‑5 (MQ=255) cATAACAAAGTCCCAGGTGGTCATCGAGCTGTAAAAATGCCCGCTGAACTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCTATAACCTGGCTCAcc < 1:2339941/100‑1 (MQ=255) aTAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCg < 1:765824/100‑1 (MQ=255) tAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGa > 2:1669628/1‑100 (MQ=255) tAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGa > 1:3462960/1‑100 (MQ=255) tAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGa > 1:664944/1‑100 (MQ=255) tAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGa > 1:1233438/1‑100 (MQ=255) aCAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGt < 1:869374/100‑1 (MQ=255) aCAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGACTCACCGAGt > 1:2665260/1‑100 (MQ=255) ccaaGTGCCAGGGTGTCATCGAGCAGAAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGTATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGCATCACGGact > 1:1115899/3‑97 (MQ=255) aaaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTg < 1:138539/100‑1 (MQ=255) aaaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTg < 1:464790/100‑1 (MQ=255) aaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAg > 1:3613148/1‑96 (MQ=255) aaGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGc > 1:3081439/1‑100 (MQ=255) gTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAg > 2:387733/1‑100 (MQ=255) cAGGGTGTCATCGAGTAGTAAAAATGCCCGGTGAAGTTGCGGATGAGCTAACAGCTGACGCAGGTTACCGGGGGAACCTGTATCACCGGGTGGCGGACGa > 1:1704248/1‑100 (MQ=255) gggTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGaaa > 1:2958988/1‑100 (MQ=255) gtgtCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAAt < 2:3396534/100‑1 (MQ=255) gtCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATcc > 1:3269464/1‑100 (MQ=255) gtCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATcc > 1:3303929/1‑100 (MQ=255) ggcATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATcc < 1:1654132/98‑1 (MQ=255) tCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCt < 2:1842146/100‑1 (MQ=255) tCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCt < 2:3768810/100‑1 (MQ=255) aTCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTgc < 2:3452252/100‑1 (MQ=255) aTCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAACTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTgc > 1:1005875/1‑100 (MQ=255) tCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTgcg > 1:1304908/1‑100 (MQ=255) tCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTgcg < 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aaaTGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCa > 2:3691847/1‑100 (MQ=255) aTGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAg > 2:1930288/1‑100 (MQ=255) cccGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACg < 1:1930082/100‑1 (MQ=255) ccGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGa < 2:2657827/100‑1 (MQ=255) cGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGAt > 2:671901/1‑100 (MQ=255) cGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGAt > 2:108853/1‑100 (MQ=255) gCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATc > 1:1441400/1‑100 (MQ=255) gCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATc < 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2:1272548/100‑1 (MQ=255) tatcgcgGTAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTc < 1:45595/97‑1 (MQ=255) tatcgcgGTAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTc > 1:733918/4‑100 (MQ=255) tACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTc < 2:1473721/100‑1 (MQ=255) ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGCTCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCgg > 1:216859/1‑100 (MQ=255) ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCgg < 1:930149/100‑1 (MQ=255) ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCgg > 1:1448373/1‑100 (MQ=255) ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCgg > 1:872259/1‑100 (MQ=255) ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCgg > 2:168569/1‑100 (MQ=255) gcgATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTg < 2:1851808/100‑1 (MQ=255) cgATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGc < 2:2959003/100‑1 (MQ=255) gATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCg < 1:3093385/100‑1 (MQ=255) | CAGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGGTGCG > NC_000913/1892264‑1892461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |