| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,089,854 | A→T | 16.8% | intergenic (‑141/‑142) | yefM ← / → hisL | antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin system/his operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,089,854 | 0 | A | T | 16.8% | 360.6 / 67.5 | 155 | intergenic (‑141/‑142) | yefM/hisL | antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin system/his operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/68); new base T (17/9); total (78/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTA > NC_000913/2089757‑2089953 | ttaattaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGt < 1:402547/100‑1 (MQ=255) aattaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACTAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTcc > 1:2959581/1‑100 (MQ=255) ttaaCTATTTATTAATTAGTCTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTTTTTTTATTAGCTAAGAGGACAGTCctc > 1:2328028/1‑100 (MQ=255) cTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAg < 1:1210223/100‑1 (MQ=255) tatttattAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTGTTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACTGTCCTCTTAGc < 1:2345414/100‑1 (MQ=255) tatttattAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACTGTCCTCTTAGc < 2:3019102/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |