| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,068,922 | G→T | 15.2% | intergenic (‑114/+25) | argO ← / ← mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,068,922 | 0 | G | T | 15.2% | 469.8 / 61.2 | 170 | intergenic (‑114/+25) | argO/mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/63); new base T (15/11); total (96/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
ATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGC > NC_000913/3068823‑3069021 | aTTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCagag < 1:1289660/100‑1 (MQ=255) ttAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCagaga < 1:328367/100‑1 (MQ=255) gTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAG‑AAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGta > 1:2966002/1‑98 (MQ=255) tATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatt > 2:467263/1‑100 (MQ=255) tATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatt > 2:2682169/1‑100 (MQ=255) tATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatt < 1:1629992/100‑1 (MQ=255) 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1:281478/1‑100 (MQ=255) gcgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCAAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTAc > 1:159630/1‑100 (MQ=255) cgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAACCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACg > 1:759794/1‑100 (MQ=255) ggATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCa < 2:1293603/100‑1 (MQ=255) aTTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGc < 1:1177001/100‑1 (MQ=255) tattaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGt > 1:1009573/1‑100 (MQ=255) attaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGtc < 1:1354072/100‑1 (MQ=255) aGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGtcttc < 1:145841/100‑1 (MQ=255) aGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGtcttc > 1:1600923/1‑100 (MQ=255) aGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGtcttc > 1:414723/1‑100 (MQ=255) aGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGtcttc > 1:414199/1‑100 (MQ=255) cGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTcttctt < 2:1055337/100‑1 (MQ=255) gAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTc < 2:597/100‑1 (MQ=255) aTTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCAcc < 1:1222705/100‑1 (MQ=255) gATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGc > 2:2400979/1‑100 (MQ=255) tatTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTaaa > 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2:22142/1‑100 (MQ=255) aGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTg > 2:3762733/1‑100 (MQ=255) gAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGc > 1:3701019/1‑100 (MQ=255) gAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGc > 2:3640794/1‑100 (MQ=255) aaaaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGc < 1:1129311/99‑1 (MQ=255) aaaaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCg > 2:2187050/1‑100 (MQ=255) aaaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCgg > 2:119582/1‑100 (MQ=255) aaaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCgg < 1:3659048/100‑1 (MQ=255) 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gagagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACcggcg < 2:748217/100‑1 (MQ=255) agagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACcggcgg < 2:3000016/100‑1 (MQ=255) gagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCggcggc < 2:207381/100‑1 (MQ=255) gagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCggcggc < 1:2615289/100‑1 (MQ=255) | ATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGC > NC_000913/3068823‑3069021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |