| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,068,924 | G→A | 15.3% | intergenic (‑116/+23) | argO ← / ← mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,068,924 | 0 | G | A | 15.3% | 428.2 / 55.1 | 170 | intergenic (‑116/+23) | argO/mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/62); new base A (15/11); total (96/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
AGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCAT > NC_000913/3068827‑3069023 | aGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAAATGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGta > 1:2565937/1‑100 (MQ=255) tATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatt > 2:467263/1‑100 (MQ=255) tATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatt > 2:2682169/1‑100 (MQ=255) aTCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGta < 1:1258206/97‑1 (MQ=255) cTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAAAGtattat > 1:3539623/1‑99 (MQ=255) gATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCt > 1:850940/1‑99 (MQ=255) aTGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTgc < 1:755203/100‑2 (MQ=255) tGCAGAGACTATATCGGGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAAGTGGCAGTCAGAAAGACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGc < 1:143251/100‑1 (MQ=255) tGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGc > 1:3273623/1‑100 (MQ=255) tGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGc < 2:1690466/100‑1 (MQ=255) tGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGc > 1:1833799/1‑100 (MQ=255) gCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGATAATACTCTCTGGcc < 1:447131/100‑1 (MQ=255) gCAGAGACTATATCGCAGGATTGTTATTAGCGGAAAATTATAATATTAATAGGAAATAAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGcc < 1:2085200/100‑1 (MQ=255) cAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGATAATACTCTCTGGCCt < 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2:1751163/100‑11 (MQ=25) gcgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTAc > 1:1630706/1‑100 (MQ=255) gcgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCAAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTAc > 1:159630/1‑100 (MQ=255) cgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAACCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACg > 1:759794/1‑100 (MQ=255) cgGGATTGTTATTAGCGGAAAATGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATATGGCCTCAGCGTTGATTACg > 1:1487186/1‑100 (MQ=255) aTTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGc < 1:1177001/100‑1 (MQ=255) gTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCttt > 1:1614625/1‑100 (MQ=255) tattaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGt > 1:1009573/1‑100 (MQ=255) tattaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGt < 2:2542280/100‑1 (MQ=255) aGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGtcttc > 1:414199/1‑100 (MQ=255) cGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTcttctt > 1:1772572/1‑100 (MQ=255) cGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTcttctt < 2:1055337/100‑1 (MQ=255) gAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTc < 2:597/100‑1 (MQ=255) aTTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCAcc < 1:1517556/100‑1 (MQ=255) aTTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCAcc < 1:1222705/100‑1 (MQ=255) gATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGc > 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acatGGCAATAAGCAAATCTACTAAGAGAGGGGCCACAGAGTATTTTCTGGCGTCAGCGTTGAGTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCGCCAGCTTAAAGTTc < 1:680597/97‑1 (MQ=255) aaTTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGACAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGATTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAg > 1:2172099/1‑97 (MQ=255) aTTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTca < 2:3348441/100‑1 (MQ=255) ttGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTcac < 2:772535/100‑1 (MQ=255) ttGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTcac > 1:346205/1‑100 (MQ=255) tGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTcaca > 2:812627/1‑100 (MQ=255) tGGCAATCAGAAAAACTAATAACAGAGAGTCCAGAGAGTATTATCTTGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTcaca < 1:2587127/100‑1 (MQ=255) gCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATc > 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agagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACcggcgg < 2:3000016/100‑1 (MQ=255) gagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCggcggc < 1:2615289/100‑1 (MQ=255) gagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCggcggc < 1:2479073/100‑1 (MQ=255) gTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCAt > 2:2456543/1‑100 (MQ=255) | AGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCAT > NC_000913/3068827‑3069023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |