| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,068,929 | A→C | 15.2% | intergenic (‑121/+18) | argO ← / ← mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,068,929 | 0 | A | C | 15.2% | 439.0 / 73.3 | 172 | intergenic (‑121/+18) | argO/mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/67); new base C (15/11); total (93/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
CTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAAT > NC_000913/3068832‑3069028 | cTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATc > 1:3057259/1‑100 (MQ=255) tGATGCAGATACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGATAAGCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATc < 1:2499742/99‑1 (MQ=255) tGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCt > 1:206821/1‑100 (MQ=255) tGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATAAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCt > 1:2216075/1‑100 (MQ=255) gATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTg > 2:3510675/1‑100 (MQ=255) aTGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTgg < 1:648762/100‑1 (MQ=255) 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2:812627/1‑100 (MQ=255) gCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATc > 1:2848787/1‑100 (MQ=255) gCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATc < 1:907500/100‑1 (MQ=255) tCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTATTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACACCCa > 1:1751191/1‑98 (MQ=255) cAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCAttt < 2:159633/100‑1 (MQ=255) aGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTg > 2:3762733/1‑100 (MQ=255) aGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTg > 2:708805/1‑100 (MQ=255) gAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGc > 2:3402982/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |