| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040546 | NA (NA) | 11 (0.090) | 9/158 | NT | NA | noncoding (4/36 nt) | REP89 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP89 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 1040578 | NA (NA) | noncoding (36/36 nt) | REP89 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP89 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
GGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGgcctgatgcg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1040449‑1040546‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAATGC < NC_000913/1040578‑1040470 GGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGC > 1:1681709/1‑100 GTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCC < 2:2992443/100‑1 GTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCC < 1:3440673/100‑1 ATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTG > 2:191301/1‑100 TTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGA < 1:1222121/100‑1 TTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGA < 1:3525119/100‑1 TTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGA < 1:3657329/100‑1 TACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATG > 1:1319847/1‑100 TACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATG > 1:1726562/1‑100 TACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTAGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATG < 2:563617/100‑1 CTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAACAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCG > 2:932632/1‑100 CTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCG > 1:1760470/1‑100 CTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCG > 2:2563876/1‑100 TTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATC < 1:3480769/100‑1 TGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCA < 1:455458/100‑1 GTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAG < 1:182588/100‑1 TTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGG < 2:3794255/100‑1 tggTGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTGTGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAACGTTAACGAGCGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGC < 2:636281/97‑1 TGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGC < 2:3873489/100‑1 TGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGC < 1:1853055/100‑1 TGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTA > 2:3584356/1‑100 TGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTA < 1:1318009/100‑1 TCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAAC < 1:893376/100‑1 CTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGGCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCC < 1:3584384/100‑1 GCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCA > 2:899736/1‑100 CCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAA > 1:1774120/1‑100 TGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAA > 2:3226260/1‑100 TGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAA > 2:1641190/1‑100 CGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAATG < 2:3839564/100‑1 GATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAATGC > 2:3658463/1‑100 GATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAATGC > 1:2338303/1‑100 GATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAATGC > 1:3320040/1‑100 GGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAGgcctgatgcg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1040449‑1040546‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCCTGATGCGATGCTAATGCGCCGCATCAGGCCTACGTTCGTTAACTTTTCAGACGCGGGTCCAGCCATACCAACACAAGGGTGGAGAGCGAACACATCAACAAAATGC < NC_000913/1040578‑1040470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |