New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 730045NA (NA)20 (0.150) 10/168 NT NA coding (463/4194 nt) rhsC Rhs protein with putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor
?NC_000913 = 730067 NA (NA)coding (485/4194 nt) rhsC Rhs protein with putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor

TGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGC  >  NC_000913/730046‑730166
                     |                                                                                                   
tGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTg                       <  2:157633/100‑1 (MQ=32)
tGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTg                       <  2:1332800/100‑1 (MQ=32)
  gCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgt                     <  2:3375858/100‑1 (MQ=32)
  gCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgt                     >  1:390820/1‑100 (MQ=33)
   ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                    <  2:1444900/100‑1 (MQ=33)
   ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                    <  2:361504/100‑1 (MQ=33)
    cGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtgt                   >  2:1726274/1‑100 (MQ=33)
        ctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACACACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGc               >  2:2777527/1‑100 (MQ=18)
        ctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGc               <  1:234302/100‑1 (MQ=33)
        ctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGc               >  2:1388983/1‑100 (MQ=33)
         tctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCg              <  1:720822/100‑1 (MQ=33)
          ctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCgg             >  1:920041/1‑100 (MQ=33)
          ctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCgg             >  1:95617/1‑100 (MQ=33)
          ctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCgg             >  1:3834203/1‑100 (MQ=33)
          ctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCg              <  2:3097234/99‑1 (MQ=32)
            ggCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTCGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGt           >  2:1216626/1‑100 (MQ=18)
             gCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTg          <  1:1752811/100‑1 (MQ=33)
              cAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGc         >  1:293610/1‑100 (MQ=33)
              cAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGc         >  2:3232388/1‑100 (MQ=32)
               aGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGTGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGcc        <  1:2777544/100‑1 (MQ=18)
                ggCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCg       <  2:95617/100‑1 (MQ=33)
                ggCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCg       >  2:1118178/1‑100 (MQ=32)
                 gcgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCgg      >  2:3801792/1‑100 (MQ=32)
                 cgtatGCCGGAAGAACTCCGCATAAGTCCACATAGTTATCTGGCGACAACCAATCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGGTCGGCTGGGGTGAGCGGGTGCCgg      >  2:760178/5‑100 (MQ=11)
                  cgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGa     <  2:1778014/100‑1 (MQ=33)
                     tGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGc  >  1:1933563/1‑100 (MQ=32)
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TGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGC  >  NC_000913/730046‑730166

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.