| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,309,009 | C→T | 15.7% | intergenic (‑85/+24) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,309,009 | 0 | C | T | 15.7% | 427.6 / 57.9 | 172 | intergenic (‑85/+24) | nlpI/pnp | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (75/69); new base T (19/8); total (95/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
CAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTC > NC_000913/3308910‑3309108 | cAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCccgcc > 2:1251888/1‑100 (MQ=255)cAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCccgcc > 1:1963237/1‑100 (MQ=255) aaaaaaGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCccgccg < 2:1543217/100‑1 (MQ=255) ggCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCgg < 1:3259258/100‑1 (MQ=255) gCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGa > 2:1519485/1‑100 (MQ=255) ttCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAgg < 1:2846129/100‑1 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCTCCGCTGCGGCGGGGGGct < 1:517925/100‑2 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCTCCGCTGCGGCGGGGGGct < 2:1139138/100‑2 (MQ=255) tttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCTCCGCTGCGGCGGGGGGctt < 2:2881177/100‑3 (MQ=255) tttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCaa > 1:3475842/1‑100 (MQ=255) cccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATg < 1:3830378/100‑1 (MQ=255) cccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATg < 2:1670969/100‑1 (MQ=255) cACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCTCCGCTGCGGCGGGGGGcttttaac < 1:3413260/100‑8 (MQ=37) cACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGc < 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tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 2:2583237/100‑1 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 1:2829134/100‑1 (MQ=255) cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAcc > 1:3322268/1‑100 (MQ=255) cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAcc > 2:2074527/1‑100 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCt < 1:3215289/100‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCt < 2:1352525/100‑1 (MQ=255) aGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACt > 1:3418717/1‑100 (MQ=255) gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTc < 1:210241/100‑1 (MQ=255) ccACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGc > 2:3372503/1‑100 (MQ=255) ccACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGc > 2:781328/1‑100 (MQ=255) cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAccctggggtct > 1:2050643/1‑91 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc < 1:833113/100‑1 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc > 1:103777/1‑100 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc < 1:1048381/100‑1 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGccc < 1:1373472/100‑1 (MQ=255) gTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGt > 2:1603400/1‑100 (MQ=255) gTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGt > 1:2274344/1‑100 (MQ=255) ttGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAACGCCTCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGtt < 2:2704435/100‑1 (MQ=255) tgaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTc < 1:1565528/100‑1 (MQ=255) gaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTca < 2:2432/100‑1 (MQ=255) atgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTcagc < 1:1691181/100‑1 (MQ=255) atgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTcagc > 1:274730/1‑100 (MQ=255) gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTcagcag < 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cccccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCttt < 2:2160034/100‑1 (MQ=255) cgccgcAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATg < 1:1939187/100‑1 (MQ=255) gccgcGGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGc < 1:3532142/100‑1 (MQ=255) cgcAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTc < 2:820666/100‑1 (MQ=255) | CAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTC > NC_000913/3308910‑3309108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |