| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 478,759 | A→G | 18.4% | intergenic (‑142/+22) | ylaB ← / ← ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 478,759 | 0 | A | G | 18.4% | 422.6 / 83.8 | 194 | intergenic (‑142/+22) | ylaB/ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/72); new base G (21/15); total (107/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTG > NC_000913/478660‑478858 | tgtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGTCGCAGAGCTTTa > 1:2294313/1‑99 (MQ=255) tgtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTAc < 2:1354075/100‑1 (MQ=255) gtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACg > 1:2540658/1‑100 (MQ=255) tgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGc > 2:3719254/1‑100 (MQ=255) tgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGc > 1:192145/1‑100 (MQ=255) ggAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGcc > 1:2750786/1‑100 (MQ=255) 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aCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTg < 1:3172430/100‑1 (MQ=255) aCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTg > 2:708619/1‑100 (MQ=255) aCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTg > 1:3303623/1‑100 (MQ=255) aCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTg < 1:640923/100‑1 (MQ=255) | TTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTG > NC_000913/478660‑478858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |