| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 721,009 | T→A | 17.0% | intergenic (+169/+47) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,009 | 0 | T | A | 17.0% | 483.5 / 83.5 | 188 | intergenic (+169/+47) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/86); new base A (16/16); total (86/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
TCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGC > NC_000913/720911‑721108 | tCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttatta > 2:1450573/1‑100 (MQ=255) cAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattat < 1:2324404/100‑1 (MQ=255) tCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTAc < 1:2549277/100‑1 (MQ=255) tCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTAc < 1:951865/100‑1 (MQ=255) tAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGATTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGc < 2:1027134/100‑1 (MQ=255) atttatttAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCtt > 1:105318/1‑100 (MQ=255) 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ttattattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGt < 2:2835799/100‑1 (MQ=255) tattattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTg > 2:3097586/1‑100 (MQ=255) ttattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTggg < 2:3722737/100‑1 (MQ=255) tattaCGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTgggc > 1:2129639/1‑100 (MQ=255) | TCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGC > NC_000913/720911‑721108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |