| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,143,998 | C→T | 100% | G124S (GGT→AGT) | rne ← | endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,143,998 | 0 | C | T | 99.2% | 414.1 / ‑4.6 | 123 | G124S (GGT→AGT) | rne | endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (57/65); total (58/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACACATC > NC_000913/1143903‑1144094 | cAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGcc > 1:276052/1‑100 (MQ=255)cAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGcc > 1:956990/1‑100 (MQ=255)cAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGGCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGcc < 2:247378/100‑1 (MQ=255) aGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCa > 2:2956055/1‑100 (MQ=255) gTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCa < 2:91723/99‑1 (MQ=255) gTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAg < 2:2633321/100‑1 (MQ=255) gCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATAAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGAc > 2:2086193/1‑100 (MQ=255) cttcttTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACt > 1:285355/1‑100 (MQ=255) ttcttTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTg > 1:3430199/1‑100 (MQ=255) ttcttTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTg > 1:1958231/1‑100 (MQ=255) tcttTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGa > 1:818643/1‑100 (MQ=255) tcttTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGa < 1:2120483/100‑1 (MQ=255) cttTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGAt > 1:3021316/1‑100 (MQ=255) ttttAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATa > 1:1624716/1‑100 (MQ=255) ttttAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATa > 1:3572627/1‑100 (MQ=255) ttttAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATa < 2:840866/100‑1 (MQ=255) aaTTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAgg < 2:3087172/100‑1 (MQ=255) aTTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAggt < 1:3784415/100‑1 (MQ=255) ttCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAggtg < 1:1294945/100‑1 (MQ=255) cGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAggtggt < 1:1801401/100‑1 (MQ=255) ggTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATACAGGTGGtt < 1:3866588/100‑1 (MQ=255) ggTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGtt < 2:3582614/100‑1 (MQ=255) ggTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGtt < 2:1357133/100‑1 (MQ=255) ggTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGtt > 1:1120690/1‑100 (MQ=255) ggTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGtt < 2:2035924/100‑1 (MQ=255) cGGTCGTCGCCGTAGCTACGAAAAGAAATGCCCCCCGCGCGCGGGCTGTTCGACAACAGAAAAAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTaagg > 2:2536534/1‑98 (MQ=255) ggTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGc < 1:789496/100‑1 (MQ=255) ggTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGc < 2:2736751/100‑1 (MQ=255) gtcgCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCcgcg < 1:1282226/100‑1 (MQ=255) gCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCt > 1:673550/1‑100 (MQ=255) ccTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCtt < 1:2515311/100‑1 (MQ=255) ttCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGcc > 2:485369/1‑96 (MQ=255) ttCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTttg > 1:2826413/1‑100 (MQ=255) ttCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTttg < 2:600023/100‑1 (MQ=255) tCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTttga > 1:600026/1‑99 (MQ=255) aTACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGc > 1:1514397/1‑100 (MQ=255) aTACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGc < 2:2915223/100‑1 (MQ=255) cGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGcc > 2:3164835/1‑98 (MQ=255) cGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCcgc > 1:228774/1‑100 (MQ=255) ggCGAGAAATGCCGCCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCcgcg > 2:2137969/1‑100 (MQ=255) ggCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCcgcg > 1:187906/1‑100 (MQ=255) ggCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCcgcg > 2:52485/1‑100 (MQ=255) gCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCgcgc < 2:1421532/100‑1 (MQ=255) gCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCgcgc > 2:2814313/1‑100 (MQ=255) gCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCgcgc > 1:1543307/1‑100 (MQ=255) gCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCgcgc < 1:3405864/100‑1 (MQ=255) gCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGGTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCgcgc < 2:2944921/100‑1 (MQ=255) cGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGct > 2:1504893/1‑100 (MQ=255) gagaAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGctc < 2:2648772/100‑1 (MQ=255) gagaAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGctc < 2:67805/100‑1 (MQ=255) aaaTGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCtcttc < 2:2893512/100‑1 (MQ=255) aaTGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCtcttct < 1:3233654/100‑1 (MQ=255) gaacaaCCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTcttctt > 1:667508/6‑100 (MQ=255) tGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTcttctt < 2:1045609/99‑1 (MQ=255) tGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCttt > 1:3809487/1‑100 (MQ=255) tGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCttt > 1:3284767/1‑100 (MQ=255) gCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTa < 2:2684638/100‑1 (MQ=255) gCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTa < 1:2735370/100‑1 (MQ=255) ccACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTAt < 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1:943246/100‑1 (MQ=255) aGATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCa < 2:75532/100‑1 (MQ=255) gATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCaa > 2:1114131/1‑100 (MQ=255) gATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCaa > 1:2216634/1‑100 (MQ=255) gATAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCaa > 1:2555499/1‑100 (MQ=255) atcgCTACTCGCCAGACTGATACAGGTCGTTAATGAAGCGCCTTTGTTGCCGCGCTATTCTTCCTCAATCTCAACCATGACTTCCTAACCTTCAAGCAac < 2:1162741/97‑1 (MQ=255) aTAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAac < 1:3779947/100‑1 (MQ=255) aTAGCTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAac < 1:899588/100‑1 (MQ=255) cTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCCACAGAt > 2:307142/1‑100 (MQ=255) cTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACACAt > 1:3235352/1‑100 (MQ=255) cTACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACACAt > 2:687300/1‑100 (MQ=255) tACTCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACACATc > 1:112644/1‑100 (MQ=255) | CAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACACATC > NC_000913/1143903‑1144094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |