| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,009,733 | C→T | 16.7% | intergenic (+21/‑88) | yedF → / → yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,009,733 | 0 | C | T | 16.7% | 277.2 / 41.4 | 119 | intergenic (+21/‑88) | yedF/yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/51); new base T (6/14); total (54/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGC > NC_000913/2009634‑2009832 | ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:672855/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:1745949/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc > 1:3915447/1‑100 (MQ=255)ggATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACAGTCCTACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGAcc < 2:619777/100‑1 (MQ=255) aTGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCca < 1:3110137/100‑1 (MQ=255) tGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCcac < 1:451111/100‑1 (MQ=255) 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cGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCtt > 2:539725/1‑100 (MQ=255) cGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CATCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCtt > 1:952802/1‑100 (MQ=255) gTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTAACttt > 2:3636105/1‑99 (MQ=255) gCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGATATTTAATTAAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTa > 2:1686502/1‑100 (MQ=255) tGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTa < 2:3697557/98‑1 (MQ=255) gATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATcac < 1:1877683/100‑1 (MQ=255) gATAGTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATcac < 2:1110290/100‑1 (MQ=255) tatTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATC‑CCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACAt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |