| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 225408 = | NA (NA) | 26 (0.210) | 13/168 | NT | NA | noncoding (28/77 nt) | ileV | tRNA‑Ile |
| ? | NC_000913 | 225425 = | NA (NA) | noncoding (45/77 nt) | ileV | tRNA‑Ile | |||||
AGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/225511‑225408‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggtgAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGA > NC_000913/225425‑225522 AGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGG < 1:1037200/100‑1AGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGG < 2:17108/100‑1AGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGG < 1:3244579/100‑1AGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGG < 1:2841375/100‑1 GCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTTTTAGTCCTGAGTCGACGTCAACCACCAACCTCA‑CCCTT‑ATCAGG < 2:2519625/99‑1 GCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGG > 2:1049416/1‑100 GCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGG < 2:1434508/100‑1 GCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGG > 2:684623/1‑100 GCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGG > 1:3048917/1‑100 GCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGG > 2:1962416/1‑99 GCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATCTGGTAGGCTTCAGTGGACTTTAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGG > 2:1983658/1‑100 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 1:128467/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG > 1:483824/1‑100 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 1:3514622/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 1:2857447/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 1:1195077/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 1:2586911/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 1:2498693/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 2:3158203/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 2:3574104/100‑1 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGG > 2:1784007/1‑99 CTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCGCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGGGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGG < 2:1680531/100‑1 TATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGT > 2:2319411/1‑100 TATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGT > 2:302961/1‑100 TATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGT < 1:1917988/100‑1 TATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGT < 2:3151889/100‑1 TATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGT < 2:1858276/100‑1 TATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGT < 1:1674705/100‑1 ATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG < 2:1307681/100‑1 ATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG > 2:3560140/1‑100 ATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG < 2:3390246/100‑1 ATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG < 1:2838684/100‑1 ATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG < 1:1383386/100‑1 AGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG < 2:2437191/98‑1 CATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCCTGAT‑AAGGGTGAGGTCGG < 1:3256824/100‑1 TAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCCTG‑AT‑AAGGGTGAGGTCGGTG < 1:1793432/100‑1 TAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGTG < 1:2355551/100‑1 AACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCCTG‑AT‑AAGGGTGAGGTCGGTGG < 1:609993/100‑1 ACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCCTG‑AT‑AAGGGTGAGGTCGGTGGT < 1:187335/100‑1 TGTAGTTAAAACCTCATCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCACCCCTG‑AT‑AAGGGTGAGGTCGGTGGTTCA < 1:3579562/100‑1 GTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAA < 1:473799/100‑1 TTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGCTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCC < 2:1673271/99‑1 CGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGG > 1:1691801/1‑100 GACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGGAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGG > 2:1452694/1‑100 GACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGG > 1:1354898/1‑100 GACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGG > 2:220528/1‑100 acgTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGtgg > 2:1075203/4‑97 ACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGG > 1:3023496/1‑100 ACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGG > 2:2579393/1‑100 ACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGG > 1:2011850/1‑100 CCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGa > 2:1028948/1‑99 CCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGC > 1:1042656/1‑100 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GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCATATTTGCACGGCAAATTTGATGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 2:1981823/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 1:269987/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 1:1084420/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 1:1909803/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 1:2346449/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 2:271409/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 1:3631242/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 1:598444/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 2:1354890/100‑1 GGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTGAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGG < 2:1164540/100‑1 GGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGA > 1:2787885/1‑100 GGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGA > 2:357281/1‑100 GTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAG < 1:1709199/100‑1 GTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAG < 1:1604194/100‑1 GTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGA < 2:1393851/99‑1 GTGAGGTCGGTAGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAG > 2:412746/1‑100 TGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCAGGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGA > 2:3016429/1‑100 TGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATCTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGA < 2:2245356/100‑1 AGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGACCTCA‑CCCTT‑ATCAGGGGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/225511‑225408‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggtgAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGA > NC_000913/225425‑225522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |