| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,892,358 | C→T | 15.3% | G293D (GGT→GAT) | yoaA ← | putative ATP‑dependent helicase, DinG family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,892,358 | 0 | C | T | 15.3% | 316.2 / 42.2 | 130 | G293D (GGT→GAT) | yoaA | putative ATP‑dependent helicase, DinG family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/57); new base T (10/10); total (63/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TGACAGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGG > NC_000913/1892261‑1892457 | ttactgTTTCGCCGCGTTATAACACGGTTGCAGTGTCTCATCGAGCATTAAAAATGCCCTCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACcg < 1:3291841/95‑1 (MQ=255) gACAGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACcgc < 2:1727062/100‑1 (MQ=255) gTTTCGCCACGTCATAAAAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAATAAAAATGCCCGCTGAATCTGCGGACTAGCCAACAGCTCACCCAGGATACCGAGATa > 1:2121481/1‑100 (MQ=255) gCCACGTCATAACAAAGTTCCAGTGTGTCATCGAGCATTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGTATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTg < 2:755204/100‑1 (MQ=255) gCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTg < 2:2076966/100‑1 (MQ=255) gCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTATCGCGGTAACCTg < 1:1229636/100‑1 (MQ=255) 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aCAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGt > 2:3607088/1‑100 (MQ=255) cAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGtt > 2:2758725/1‑100 (MQ=255) cAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGtt > 2:2584613/1‑100 (MQ=255) aGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCa < 2:1136874/100‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCa < 1:206088/100‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCa > 2:233582/1‑100 (MQ=255) tCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGAc < 1:2912527/100‑1 (MQ=255) ctaGGGTGTCATGCTACAGTATAAATGGCCGCTGTGTTTGCGGATTGGTTGCCTGCTCACTCAGGTTACTGCGATAACCTCGCTCACCGAGTTGCAg < 2:1752886/95‑1 (MQ=255) aGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGaa < 2:815181/100‑1 (MQ=255) gggTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGaaa < 2:3198930/100‑1 (MQ=255) ggTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGaaaa > 1:3520623/1‑100 (MQ=255) gtgtCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAAt > 1:1821166/1‑100 (MQ=255) tgtCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATc < 1:2904848/100‑1 (MQ=255) cATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGGGATAAACTGGCTCACCGAGTTGAAGACGAAAATc > 2:870754/1‑97 (MQ=255) cATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTg > 1:2073938/1‑100 (MQ=255) cATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTg > 2:541840/1‑100 (MQ=255) cATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTg > 2:3000854/1‑100 (MQ=255) aTCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTgc < 1:1520418/100‑1 (MQ=255) aTCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTgc > 1:3075488/1‑100 (MQ=255) tCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTgcg < 1:3534781/100‑1 (MQ=255) aGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCActct > 1:3251206/1‑100 (MQ=255) gTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTg > 1:2888663/1‑100 (MQ=255) gTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTg < 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aaaTGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTCACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGCCTCACCGAGTTGCAGACGCAAATCCTGCGCACCCTGGGCa > 2:1097253/1‑100 (MQ=255) aaaTGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCa < 2:2888640/100‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCaa < 2:928018/100‑1 (MQ=255) aTGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAg < 1:2541725/100‑1 (MQ=255) gCCCGCTGAATTTGCGCATTCGCTAACAGCGCACGCAGGATACCGCGATAACCTGGTTCACCGAGTTGCGGACGAAAATCCTGCGCACTTTTGGCAAGAc < 2:1301013/100‑1 (MQ=255) ccGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGa > 1:751424/1‑100 (MQ=255) cGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGAt > 1:2783223/1‑100 (MQ=255) gCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATc > 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1:44809/2‑100 (MQ=255) cAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCtttt < 2:3131283/100‑1 (MQ=255) aGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTa < 2:343137/100‑1 (MQ=255) aGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTa < 1:1170661/100‑1 (MQ=255) ggTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTaa < 1:3632531/100‑1 (MQ=255) ggTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCGGGGCACGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGCCtt > 2:303657/1‑96 (MQ=255) tACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTc < 1:2087853/100‑1 (MQ=255) aCCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCg > 2:3541348/1‑100 (MQ=255) aCCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCg > 1:1897972/1‑100 (MQ=255) aCCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCg < 1:1120848/100‑1 (MQ=255) ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCgg > 1:2495595/1‑100 (MQ=255) ccGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCgg > 1:386184/1‑100 (MQ=255) | TGACAGTTTCGCCACGTCATAACAAAGTTCCAGGGTGTCATCGAGCAGTAAAAATGCCCGCTGAATTTGCGGATTAGCTAACAGCTCACGCAGGTTACCGCGATAACCTGGCTCACCGAGTTGCAGACGAAAATCCTGCGCACTCTGGGCAAGACGATCAGCGCACTTTTGTAACTGCTGGGTGTCTTTTAATTCGG > NC_000913/1892261‑1892457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |