| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,286,139 | A→T | 17.8% | intergenic (+3/‑72) | yejM → / → proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,286,139 | 0 | A | T | 17.8% | 360.8 / 66.3 | 146 | intergenic (+3/‑72) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/65); new base T (11/15); total (66/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TACAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAGTATTAGCAGCCACGAGTCGGCACGTAGCGCAGCCTGGTAGCGCAC > NC_000913/2286041‑2286238 | tACAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa > 1:942209/1‑100 (MQ=255)tACAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa > 1:819926/1‑100 (MQ=255) aCAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAATAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGatta < 2:3143058/98‑1 (MQ=255) aaCTTACGTGGTGAAAGAAAAAAAAAAAAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatta < 2:1579424/100‑1 (MQ=255) cTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGGCAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtata > 1:2814299/1‑100 (MQ=255) cTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatta > 1:2133411/1‑98 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |