| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,356,737 | T→C | 15.4% | intergenic (+26/‑167) | glpC → / → yfaD | anaerobic sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, C subunit, 4Fe‑4S iron‑sulfur cluster/transposase_31 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,356,737 | 0 | T | C | 15.4% | 312.5 / 43.1 | 134 | intergenic (+26/‑167) | glpC/yfaD | anaerobic sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, C subunit, 4Fe‑4S iron‑sulfur cluster/transposase_31 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/50); new base C (4/17); total (67/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ATGGCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTACACGATTCCGTGCCCAATGTATGCGTTGCAACGCAGTGAAAATTCCTCTGAAAACGTCTCGCAAAGGCTGAAAC > NC_000913/2356639‑2356835 | aTGGCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCAtg < 2:2755350/100‑1 (MQ=255) tGGCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCAtgt < 2:6211/100‑1 (MQ=255) tGGCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTGCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCAtgt < 2:3350826/100‑1 (MQ=255) ggCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCAtgtg > 1:1334955/1‑100 (MQ=255) ggCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCAtgtg < 1:3123399/100‑1 (MQ=255) ggCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCAtgtg > 1:2598741/1‑100 (MQ=255) ggCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCAtgtg > 1:2301237/1‑100 (MQ=255) gCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTgg < 1:3000823/100‑1 (MQ=255) gCAGATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTgg > 1:2837800/1‑100 (MQ=255) gATTGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTa > 2:2793606/1‑100 (MQ=255) tGAGATGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCg < 1:280121/100‑1 (MQ=255) gagaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCg > 2:1972781/1‑99 (MQ=255) gagaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCgg < 2:1775050/100‑1 (MQ=39) gagaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTAATGCCCGGTAACCACATGCTTACCgg < 2:271884/100‑1 (MQ=38) agaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCggg < 2:477304/100‑1 (MQ=38) agaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCggg < 1:400618/100‑1 (MQ=38) agaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCggg < 2:885907/100‑1 (MQ=38) agaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCggg < 1:1261288/100‑1 (MQ=38) gaTGTCCACAAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCGGGc < 1:1703795/100‑1 (MQ=38) agggccACTAGTCCTCGCTGCGACCATCCGACTACGCGACTGGCCCCGGCGCTGGCTTAAACTCCGTTCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCggg < 2:3053363/94‑1 (MQ=19) aTGTCCACATGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGTCCCACGCCCTGGCTTAAACTCCTTCCTGATGCCCGGTAACCACATGCTTACCggg < 2:1342228/98‑1 (MQ=37) 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1:1591473/100‑1 (MQ=255) acaAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTg < 2:2207843/100‑1 (MQ=255) acaAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTg < 2:2771213/100‑1 (MQ=255) aaaaGTCTTCGCTGCGAACATCAGATTACGCTACTGGCCCAGGAGCTGGCTTAACCTTCTTTCTGAGGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGTCATTTTTg < 2:2119781/98‑1 (MQ=255) caAGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGc > 1:691508/1‑100 (MQ=255) caAGTCGTCGCTGCGAACTTCCGATTATGCTACTGGCCCAGGCTATGGCTTAAACGCGTTTCTGATGACCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTga < 2:1338654/100‑2 (MQ=255) aaGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCg < 2:1463053/100‑1 (MQ=255) aaGTCTTCGCTGAGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTATACTTCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCg < 2:1204870/100‑1 (MQ=255) aGTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCACAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCg < 2:2868246/99‑1 (MQ=255) gTCTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTa > 2:764802/1‑100 (MQ=255) cTTCGCTGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTaca > 1:413567/1‑100 (MQ=255) tGCGAACATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTACACGATTc > 1:2268064/1‑100 (MQ=255) cATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTACACGATTCCGTGcc > 1:1003419/1‑100 (MQ=255) cATCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTACACGATTCCGTGcc < 1:1056425/100‑1 (MQ=255) aTCCGATTACGCTACTGGCCCATGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTACACGATTCCGTg < 2:1062522/97‑1 (MQ=255) aTCCGATTACGCTACTGGCCCAGGCGCTGGCTTAAACTCCTTTCTGATGCCCGGTAAGCATGTGGTTACCGGGCATTTTTGCGTCCACGATTCCGTGccc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |