| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,111,961 | T→C | 15.1% | pseudogene (130/963 nt) | yghE ← | pseudogene, secretion pathway protein, L‑type protein homology; putative general secretion pathway for protein export (GSP) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,111,961 | 0 | T | C | 15.1% | 385.4 / 59.2 | 166 | pseudogene (130/963 nt) | yghE | pseudogene, secretion pathway protein, L‑type protein homology; putative general secretion pathway for protein export (GSP) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/75); new base C (8/17); total (74/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTC > NC_000913/3111862‑3112060 | gcgcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcg < 1:2290536/100‑1 (MQ=255) cgcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcgc < 2:3013245/100‑1 (MQ=255) gcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCa > 2:1316491/1‑100 (MQ=255) aTCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagt < 2:3095388/100‑3 (MQ=255) aTCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagt < 1:1768687/100‑3 (MQ=255) tCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtg < 1:767659/100‑4 (MQ=255) tCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtg < 1:1674102/100‑4 (MQ=255) cGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATg < 1:1630204/100‑1 (MQ=255) cGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtgg < 2:2808585/100‑5 (MQ=255) gCAAGCCATGAACCCAGGAGGAATGGACGTCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtgg < 2:729656/99‑5 (MQ=255) gCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCGGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGc < 1:243675/100‑1 (MQ=255) gCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggt < 1:1461054/100‑6 (MQ=255) aaGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggttg < 1:1962593/100‑8 (MQ=255) gCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcgagatcggaa > 2:335979/1‑89 (MQ=255) gCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGtt > 1:1038279/1‑100 (MQ=255) gCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggttgca < 1:2442230/100‑10 (MQ=255) ccATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTg < 2:2087235/100‑1 (MQ=255) ccATAAACCCACAACGTATGGACCTCCAGGCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCATTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCACATATGCTGTTg < 2:1079447/100‑1 (MQ=255) cATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATCTGCTGTTgg > 2:3414807/1‑100 (MQ=255) cATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTgg > 1:698310/1‑100 (MQ=255) tAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTg < 2:342541/100‑1 (MQ=255) aaaCCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGa > 2:1748786/1‑100 (MQ=255) aaCCCACAAGGAATGGACATCCTGTCCGGCGTGACGGCAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGaa < 2:2458174/100‑1 (MQ=255) ccACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCa < 1:3183521/100‑1 (MQ=255) ccACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCa > 1:104731/1‑100 (MQ=255) cacaAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCAc > 1:879764/1‑100 (MQ=255) acaAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACt < 1:1953371/100‑1 (MQ=255) aaGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGc < 1:3598603/100‑1 (MQ=255) aaGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGc < 1:1498954/100‑1 (MQ=255) aaGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGc < 1:1979755/100‑1 (MQ=255) aaGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGc < 1:3301759/100‑1 (MQ=255) aGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCt > 2:1262281/1‑100 (MQ=255) ggAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTa > 1:165819/1‑100 (MQ=255) gAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTAc < 2:441564/100‑1 (MQ=255) aaTGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACg < 2:1495498/100‑1 (MQ=255) aTGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACgg > 2:1524553/1‑100 (MQ=255) tGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGt < 1:1316499/100‑1 (MQ=255) tGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACGGCTACGGt > 2:2885781/1‑100 (MQ=255) gACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTg > 2:2791121/1‑100 (MQ=255) aCATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGc > 2:34878/1‑100 (MQ=255) cATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGcc < 1:2848032/100‑1 (MQ=255) cATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGcc < 2:2225137/100‑1 (MQ=255) tCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAg > 1:467860/1‑100 (MQ=255) tCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAg < 2:1453865/100‑1 (MQ=255) tCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAg > 2:161439/1‑100 (MQ=255) tCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAg > 1:733060/1‑100 (MQ=255) tCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAg < 1:3335393/100‑1 (MQ=255) aGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTg > 1:3377997/1‑100 (MQ=255) gtacggcggGACGGTATCGCGGGTGGTGCCGTTTTCCTGGAACCACTGCGCAGTGTGGCGCATATGCTGTTGGGGAATCACTGCTACGGTTGCCAg > 2:325403/4‑96 (MQ=255) ccGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTg > 1:1287984/1‑100 (MQ=255) ccGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTg > 2:1302567/1‑100 (MQ=255) cGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTgg < 1:2996952/100‑1 (MQ=255) cGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTgg < 2:1421140/100‑1 (MQ=255) cGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTGTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTgg < 2:2423250/100‑1 (MQ=255) ggCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGt > 1:1881807/1‑100 (MQ=255) gcgcGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTc < 2:551993/100‑1 (MQ=255) gcgcGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTc < 2:441862/100‑1 (MQ=255) cgcgACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCg > 1:3450927/1‑100 (MQ=255) cgcgACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTGGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTGCGGTTGCCAGTTGCTGGTCg < 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cGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAg > 1:2705099/1‑100 (MQ=255) ttttCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGtt < 1:3094712/100‑1 (MQ=255) cTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCg < 2:359698/100‑1 (MQ=255) tGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGCTATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGa > 1:2755408/1‑100 (MQ=255) aacagcatatGCGCAACATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGa > 1:1804221/10‑100 (MQ=255) gCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCGGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGat > 2:1242436/1‑100 (MQ=255) gCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGa < 2:1056853/99‑1 (MQ=255) acagcatatGCGCAACATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGat > 1:1432583/9‑100 (MQ=255) cagcatatGCGCAACATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACTGTTGCCAGTTGCTCGTCGATATTCAACGTGGCGAAATGCAGTTCATCCata > 2:3289132/8‑100 (MQ=255) gcatatGCGCAACATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATc > 2:2335760/6‑100 (MQ=255) ccACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATcc < 2:3481075/100‑1 (MQ=255) ccACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATcc > 1:5093/1‑100 (MQ=255) cTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTgg < 2:1143217/100‑1 (MQ=255) cTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTgg > 1:2064405/1‑100 (MQ=255) gcgcAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGtt > 1:1191693/1‑100 (MQ=255) cgcAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTc < 1:830841/100‑1 (MQ=255) cgcAATGTTGCGCATATGCAGTTAGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGTGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTc > 2:1380482/1‑100 (MQ=255) aaTGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGc < 1:814035/100‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGct < 2:907860/100‑1 (MQ=255) | CCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTC > NC_000913/3111862‑3112060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |