| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 17.5% | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ → | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 17.5% | 307.6 / 54.5 | 138 | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/62); new base A (15/9); total (66/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCT > NC_000913/317467‑317665 | cacaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg > 2:1194517/1‑100 (MQ=255) acaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattga < 2:1268164/100‑1 (MQ=255) acaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg > 2:2676194/1‑99 (MQ=255) aaaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGata < 2:3021718/100‑1 (MQ=255) gTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATc > 1:1196258/1‑100 (MQ=255) gTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATc < 1:2193025/100‑1 (MQ=255) 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> 2:1988165/1‑100 (MQ=255) gTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAgacga > 2:316503/1‑100 (MQ=255) gTTGGGGAGTCGGTAAAACATTCTAATCCTGAATTTGTTTGTGGGTGCCTTGATGTAAAAACACACGACTGATAATCATCAGGTA‑TTTTGC‑CTAAgacga > 2:1918129/1‑100 (MQ=255) tGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATTTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACa > 2:697112/1‑100 (MQ=255) tGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACa > 1:1978538/1‑100 (MQ=255) ggggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACaa < 2:2431511/100‑1 (MQ=255) cGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACAAAAACCtt < 1:1011010/100‑1 (MQ=255) ggcaaaaCATTTTAATCCTGACTTTGTTCGTCGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATTTTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACAAAAAcc > 2:823123/4‑97 (MQ=255) 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gatATTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCt < 1:2924208/100‑1 (MQ=255) | CACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTAC‑CTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCT > NC_000913/317467‑317665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |