| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 317,571 | T→C | 16.8% | intergenic (+4/+155) | ykgQ → / ← rclC | pseudogene, putative dehydrogenase/reactive chlorine species (RCS) stress resistance inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,571 | 0 | T | C | 16.8% | 318.3 / 61.3 | 150 | intergenic (+4/+155) | ykgQ/rclC | pseudogene, putative dehydrogenase/reactive chlorine species (RCS) stress resistance inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/64); new base C (16/9); total (76/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
ATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATC > NC_000913/317472‑317670 | ttAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTa > 1:368025/1‑100 (MQ=255) gTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATc > 1:1196258/1‑100 (MQ=255) gTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATc < 2:3081777/100‑1 (MQ=255) tCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCAt < 1:2244561/100‑1 (MQ=255) tCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCAt > 1:1575061/1‑100 (MQ=255) cGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATg < 2:1524690/100‑1 (MQ=255) 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1:240236/1‑100 (MQ=255) tGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCCGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAgacg < 1:2101687/100‑1 (MQ=255) gTTGGGGAGTCGGTAAAACATTCTAATCCTGAATTTGTTTGTGGGTGCCTTGATGTAAAAACACACGACTGATAATCATCAGGTATTTTGCCTAAgacga > 2:1918129/1‑100 (MQ=255) tGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACa > 1:1978538/1‑100 (MQ=255) ggggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACaa < 2:2431511/100‑1 (MQ=255) gggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACaaa > 2:1279135/1‑100 (MQ=255) gTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAcc > 2:1368440/1‑100 (MQ=255) cGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCtt < 1:1011010/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |