| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 478,757 | T→C | 15.7% | intergenic (‑140/+24) | ylaB ← / ← ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 478,757 | 0 | T | C | 15.7% | 379.9 / 61.8 | 169 | intergenic (‑140/+24) | ylaB/ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/75); new base C (18/8); total (86/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTT > NC_000913/478658‑478856 | gATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCtt > 1:1475951/1‑100 (MQ=255)gATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCtt < 2:2787519/100‑1 (MQ=255) ttGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTa > 1:960491/1‑100 (MQ=255) ggAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAATGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGcc < 2:1942709/100‑1 (MQ=255) ggAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGcc < 2:915925/100‑1 (MQ=255) ggAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGcc > 1:197782/1‑100 (MQ=255) 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cTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAttt < 1:2314580/100‑1 (MQ=255) tttACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttt > 2:3540719/1‑100 (MQ=255) ttACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAttttt < 2:3223427/100‑1 (MQ=255) ttACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAttttt > 2:391324/1‑100 (MQ=255) | GATTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTT > NC_000913/478658‑478856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |