| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,327,213 | C→T | 15.1% | T121I (ACC→ATC) | rluB → | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,327,213 | 0 | C | T | 15.1% | 363.2 / 42.1 | 144 | T121I (ACC→ATC) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/64); new base T (7/15); total (65/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCG > NC_000913/1327114‑1327312 | gTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTcaccac > 1:3439203/1‑100 (MQ=255)gTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTcaccac < 1:2663106/100‑1 (MQ=255) cGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATgg < 1:2901982/100‑1 (MQ=255) cGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATgg < 1:792823/100‑1 (MQ=255) gtgtTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTg > 2:543687/1‑100 (MQ=255) gtgtTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTg > 1:2268104/1‑100 (MQ=255) tttGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCCGGTTTGCCGTGGGTCTCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAc < 2:1135348/100‑1 (MQ=255) tttGACCGGCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAc < 2:2932701/100‑1 (MQ=255) ttGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTTGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAAc < 1:2519034/99‑1 (MQ=255) ttGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCATCAGCGATGGTGAACt > 2:3334184/1‑100 (MQ=255) ttGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAca < 1:872419/100‑2 (MQ=255) ttGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACt > 2:1333639/1‑100 (MQ=255) ttGACCGTCGGCCAAAGCTGCGTGGCGCTCGCTGGGTTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAAc < 2:1398479/99‑1 (MQ=255) tGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTg < 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aCCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGc < 2:384278/100‑1 (MQ=255) ccGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGc < 1:650543/99‑1 (MQ=255) ccGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCa < 2:1477695/100‑1 (MQ=255) tCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAAc < 1:170188/100‑1 (MQ=255) tGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcagcagcagac < 1:2787834/100‑11 (MQ=38) tGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCg > 1:2967977/1‑100 (MQ=255) gCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGt > 1:898628/1‑100 (MQ=255) gCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGt < 1:2811305/100‑1 (MQ=255) gCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGt > 1:2295889/1‑100 (MQ=255) ccAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGtt > 2:327314/1‑100 (MQ=255) ccAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGtt < 2:409932/100‑1 (MQ=255) ccAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGtt < 1:1898446/100‑1 (MQ=255) cacaaCTGCGTGTCACACGGTGGATTGCCTTGGGTCACGAGGCCGTTCAGACCTGTTGTCTGCTGGTGTTGCCCACCGATGGTGAACCGGCAGACCAtt > 2:28776/4‑99 (MQ=255) aaaaCTGCGGGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGTTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGGCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTa < 2:1974085/100‑1 (MQ=255) agcttcGTGGCGCACGCTGGATTGTCGTGGGTTGCGTGCACGTTAATACCTGCGGTCTGCTGCTGTTCACCCCCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTaa < 2:1104559/94‑1 (MQ=255) aaCTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAAt < 1:1667980/100‑1 (MQ=255) tGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCa < 2:3149299/100‑1 (MQ=255) cGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCAcc < 1:106930/100‑1 (MQ=255) cGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCAcc < 2:1962329/100‑1 (MQ=255) ggCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCaa > 1:1495156/1‑100 (MQ=255) ggCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCaa > 1:3036771/1‑100 (MQ=255) cgcACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGc > 2:897259/1‑100 (MQ=255) cACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCg < 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gATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGtt < 2:2960923/100‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGa < 2:1115711/100‑1 (MQ=255) gCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAAc > 2:943783/1‑100 (MQ=255) gCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAAc > 1:536815/1‑100 (MQ=255) gCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAAc < 1:1861977/100‑1 (MQ=255) gCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGAAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAAc < 2:21638/100‑1 (MQ=255) ccGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACg < 2:3386278/100‑1 (MQ=255) cGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGt < 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accaccGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATACGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAAc < 1:2713850/100‑1 (MQ=255) ccaccGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACt > 1:662996/1‑100 (MQ=255) ccGATGGTGAACTGGCATACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCg > 2:2528548/1‑100 (MQ=255) ccGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCg > 2:3173698/1‑100 (MQ=255) | GTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCG > NC_000913/1327114‑1327312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |