| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,408,537 | A→T | 15.7% | E163V (GAG→GTG) | ydaN → | putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,408,537 | 0 | A | T | 15.7% | 274.3 / 41.3 | 114 | E163V (GAG→GTG) | ydaN | putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/51); new base T (10/8); total (55/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TGGTGAGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGT > NC_000913/1408438‑1408636 | tggtgAGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGa < 1:1726587/100‑1 (MQ=255) ggtgAGCGATCTGGAAGAGGGAACGGGTCCGACCGATTGAGGGGGATGGCTGGTGGGTGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGag > 2:1522758/1‑100 (MQ=255) tcttccGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGagc < 1:2550572/95‑1 (MQ=255) gtgAGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTGTCGag > 2:3116084/1‑99 (MQ=255) gtgAGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGagc < 2:2745000/100‑1 (MQ=255) gtgAGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGagc > 2:303784/1‑100 (MQ=255) gtgAGCGAGCTGGAAGAGGGAACGGGTCCGACCGATGGCGGGGGAGGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGagc < 2:3442868/100‑1 (MQ=255) gAGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGagcag > 1:1866539/1‑100 (MQ=255) aGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGagcagc < 1:105480/100‑1 (MQ=255) gCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCt < 1:1522078/100‑1 (MQ=255) gCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCt > 1:2013313/1‑100 (MQ=255) cGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTg < 2:2836761/100‑1 (MQ=255) cGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTg < 1:312931/100‑1 (MQ=255) gATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGc < 1:1175706/100‑1 (MQ=255) aTCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGct > 1:2407827/1‑99 (MQ=255) aTCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCa > 1:2628321/1‑100 (MQ=255) aTCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATGGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAGTTTATCGAGCAGCTgga < 2:218736/100‑3 (MQ=255) cTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACg < 1:717505/100‑1 (MQ=255) tGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATTCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGAACGa > 2:3018543/1‑100 (MQ=255) ggAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGagcagatcggaaga > 2:2550556/1‑91 (MQ=255) ggAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGAt > 2:2932890/1‑100 (MQ=255) gAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATa < 1:1929053/100‑1 (MQ=255) gAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATa < 2:357480/100‑1 (MQ=255) agagGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATaaa > 1:3043017/1‑100 (MQ=255) gagGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaat < 1:2929780/100‑2 (MQ=255) agGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaatn < 2:501762/100‑3 (MQ=255) agGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAAt < 1:1970678/100‑1 (MQ=255) agGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAAt < 2:1545506/100‑1 (MQ=255) gggCACGGGTCGGTCCGATTGGGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATGTATCGTGCAGCTGCTCGATaaat < 2:2098867/98‑2 (MQ=255) gggCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAAtt > 2:1095255/1‑100 (MQ=255) ggCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaattca < 2:2407811/100‑5 (MQ=39) ggCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTa < 1:3546819/100‑1 (MQ=255) gCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTAt < 1:2932913/100‑1 (MQ=255) cACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaattcact < 1:1475375/100‑7 (MQ=38) cACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATc > 1:3432901/1‑100 (MQ=255) cACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATc < 1:2895686/100‑1 (MQ=255) aCGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaattcactg < 1:2447775/100‑8 (MQ=38) cGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGa > 1:3315765/1‑100 (MQ=255) gggTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGAc < 2:2859960/100‑1 (MQ=255) ggTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGAcc < 1:303786/100‑1 (MQ=255) ccgaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTg > 1:88819/1‑100 (MQ=255) cgaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGa > 2:3604676/1‑100 (MQ=255) tccgatctGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGaa < 1:3579741/93‑1 (MQ=255) accgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAg < 1:2517664/100‑1 (MQ=255) gCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGaaagatcgga > 2:3579714/1‑92 (MQ=255) cGGGGGTTGCCTGGTGGATGTATGCGATGCGTTGACCGATAATTCCAGTGAATTTATCAAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAAtctc > 2:685813/1‑100 (MQ=255) gggggATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTcc > 1:2664073/1‑100 (MQ=255) ggggATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCt < 1:3377648/100‑1 (MQ=255) tcttccgatctggATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTg < 1:2700906/90‑1 (MQ=255) ggATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTg < 2:3042994/100‑1 (MQ=255) ggATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTg < 2:88819/100‑1 (MQ=255) ggATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCAATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTg > 1:527328/1‑100 (MQ=255) gATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGa > 2:2534605/1‑100 (MQ=255) aTGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAACTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGAt < 2:1144936/100‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATc < 1:1296612/100‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATc < 2:1196253/100‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATc < 2:428672/100‑1 (MQ=255) ggCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCa > 2:2909420/1‑100 (MQ=255) ggCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCa < 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tgtgCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTCTCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCAcc < 2:2597345/100‑1 (MQ=255) tgCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACcgc > 1:3558340/1‑100 (MQ=255) cGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGt > 1:636348/1‑100 (MQ=255) cGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGAtt > 1:192737/1‑100 (MQ=255) ttGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTcc < 2:1061840/100‑1 (MQ=255) ttGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTcc < 2:1618131/100‑1 (MQ=255) gACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTg < 2:3446449/100‑1 (MQ=255) gACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTg < 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aTTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTctgct < 1:1481464/100‑1 (MQ=255) tCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCtgctgc < 2:2227268/100‑1 (MQ=255) tCCAGTGAAGTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCGTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAGTTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTctcctg < 2:3169721/99‑1 (MQ=255) gtcgataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCtgctgc > 1:242142/10‑100 (MQ=37) tcgataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcg > 1:1216907/9‑100 (MQ=38) ccAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcg < 2:22341/100‑1 (MQ=255) cgataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcgc > 1:2587859/8‑100 (MQ=38) cAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATTGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcgc > 1:2070976/1‑100 (MQ=255) cAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcgc < 2:2652211/100‑1 (MQ=255) gataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCa > 1:30159/7‑100 (MQ=38) aGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCa < 2:1620984/100‑1 (MQ=255) ataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTCGCTCTGCTGCGCaa > 2:2347345/6‑100 (MQ=38) gAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAAc < 2:716927/100‑1 (MQ=255) attttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACa > 1:1999675/3‑100 (MQ=255) aaTTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACa > 1:977282/1‑100 (MQ=255) aTTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAGTCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCGGCGAAAACaa > 2:3491324/1‑100 (MQ=255) aTTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACaa > 2:1057516/1‑100 (MQ=255) ttATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACaatt < 2:2294519/100‑1 (MQ=255) gAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCTCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATtg > 2:318121/1‑100 (MQ=255) | TGGTGAGCGATCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGT > NC_000913/1408438‑1408636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |