| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,520,083 | A→C | 16.1% | intergenic (+19/‑179) | curA → / → mcbR | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent/colanic acid and biofilm gene transcriptional regulator, MqsR‑controlled |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,520,083 | 0 | A | C | 16.1% | 461.6 / 78.1 | 188 | intergenic (+19/‑179) | curA/mcbR | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent/colanic acid and biofilm gene transcriptional regulator, MqsR‑controlled |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/78); new base C (16/15); total (95/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATG > NC_000913/1519988‑1520182 | cgcCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccg > 1:1328894/1‑100 (MQ=255) ccACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccgcc < 1:2983809/100‑1 (MQ=255) ccACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccgcc > 1:578421/1‑100 (MQ=255) cacaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCa > 1:2754865/1‑100 (MQ=255) acaGACGTTTATCGGCCTGCTGAATGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgt < 2:2468106/100‑3 (MQ=255) acaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgt < 1:3450221/100‑3 (MQ=255) 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aaaaaCTTCGGCAAAGTGGTGGTCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCa < 2:152660/100‑1 (MQ=255) aaaaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAttgt > 1:1443326/1‑96 (MQ=255) aaaaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCa > 1:678368/1‑100 (MQ=255) aaaaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCa > 1:1784582/1‑100 (MQ=255) aaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGc < 1:3416945/100‑1 (MQ=255) aaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGc < 2:1154985/100‑1 (MQ=255) aaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCt < 2:1292619/100‑1 (MQ=255) aCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCtt > 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ggtgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAAcc > 2:144268/1‑100 (MQ=255) ggtgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAAcc < 1:799100/100‑1 (MQ=255) ggtgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAAcc > 1:1025822/1‑100 (MQ=255) tgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACcac < 1:2430093/100‑1 (MQ=255) tgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACcac > 2:1087488/1‑100 (MQ=255) tCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatc < 2:1674565/100‑1 (MQ=255) ccGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatca > 2:2073085/1‑100 (MQ=255) gTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |