| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 3,815,859 | Δ82 bp | 100% | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815858 | 1 (0.010) | 173 (1.240) | 87/158 | NT | 99.5% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815941 = | 1 (0.010) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH | |||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
ATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCA > NC_000913/3815759‑3815956 | atGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGC > 1:3891090‑M1/1‑100 (MQ=255)atGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGC > 1:2117167‑M1/1‑100 (MQ=255) tGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCc > 1:2726814‑M1/1‑99 (MQ=255) tGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCc < 2:3665378‑M1/100‑2 (MQ=255) ggTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACCGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcg < 2:2592906‑M1/100‑3 (MQ=255) ggTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcg > 1:884308‑M1/1‑98 (MQ=255) gTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgt > 2:1438224‑M1/1‑97 (MQ=255) gTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgt > 2:3504730‑M1/1‑97 (MQ=255) cATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccc < 2:3815720‑M1/100‑8 (MQ=255) aTGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccct > 2:3793951‑M1/1‑92 (MQ=255) aTGCCTTCGCCCCTCATCTTTCTTTTCTACAGAAAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcc < 1:2449296‑M1/97‑6 (MQ=255) tGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctg > 2:1248434‑M1/1‑91 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgc < 1:2937886‑M1/100‑11 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgc < 2:3857215‑M1/100‑11 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgc > 1:3184354‑M1/1‑90 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgacccctgc > 1:82590‑M1/1‑90 (MQ=255) cTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcac < 1:2842949‑M1/100‑13 (MQ=255) ctcctcATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaa < 2:3451513‑M1/100‑18 (MQ=255) tcctcATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtccccttcacttcaat > 1:2067342‑M1/1‑82 (MQ=255) ctcATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatga < 1:1167433‑M1/100‑21 (MQ=255) cATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatg < 1:927347‑M1/100‑23 (MQ=255) cATCTTACTTTTCTACAGAC‑AAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgc > 2:410463‑M1/1‑77 (MQ=255) tCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcg < 1:602615‑M1/100‑25 (MQ=255) tACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgccc > 2:140061‑M1/1‑73 (MQ=255) aCTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccg < 1:3971881‑M1/100‑29 (MQ=255) ttttCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtc < 1:1468548‑M1/100‑31 (MQ=255) tttCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtct > 2:4270561‑M1/1‑69 (MQ=255) tCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttc < 2:2618723‑M1/100‑34 (MQ=255) tCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttc < 1:3519775‑M1/100‑34 (MQ=255) cTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcg > 2:1974526‑M1/1‑66 (MQ=255) cTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtctt < 2:3443245‑M1/98‑33 (MQ=255) tACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcgg > 1:2001303‑M1/1‑65 (MQ=255) aCAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGACTTAAAAATCAGATTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtccactgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggt > 1:4278391‑M1/1‑64 (MQ=255) cAGACAAAAAAAAGGCGACTGATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtc > 1:2695998‑M1/1‑63 (MQ=255) cAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtc > 1:625573‑M1/1‑63 (MQ=255) aGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtca < 1:1026927‑M1/100‑39 (MQ=255) aGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtca > 1:161667‑M1/1‑62 (MQ=255) gACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcat > 2:2693013‑M1/1‑61 (MQ=255) gACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcat > 1:2222482‑M1/1‑61 (MQ=255) gatttttaaggcgactGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatca > 2:4224946‑M1/8‑59 (MQ=255) cAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatca > 2:2821052‑M1/1‑59 (MQ=255) cAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTACCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatca > 2:3321318‑M1/1‑59 (MQ=255) atttttaaggcgacTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcac > 1:1503298‑M1/7‑58 (MQ=255) aaaaaaaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgccggtcttcggtcatcac > 2:4338888‑M1/1‑58 (MQ=255) tttttaaggcgaCTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcact > 2:973464‑M1/6‑57 (MQ=255) aaaaaaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcact > 2:2346449‑M1/1‑57 (MQ=255) ttttaaggcgACTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcacta > 1:1861007‑M1/5‑56 (MQ=255) taagGCGACTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgt > 1:3483013‑M1/2‑53 (MQ=255) aaaGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgt < 2:525450‑M1/100‑48 (MQ=255) aaaGGCGACCCATCAGTCGCCTTAACAACCACTTTGCCCGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgt < 2:2394989‑M1/100‑48 (MQ=255) aaGGCGACTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgtt > 2:2836580‑M1/1‑52 (MQ=255) aaGGCGACTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgtt > 2:3073606‑M1/1‑52 (MQ=255) aaGGCGACTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgtt > 2:2030411‑M1/1‑52 (MQ=255) aGGCGACTGATGAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttc > 2:3899687‑M1/1‑51 (MQ=255) ggCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttca < 1:2690564‑M1/100‑51 (MQ=255) 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atcaGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtc > 1:3991091‑M1/1‑42 (MQ=255) aGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGGCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctct > 1:2553335‑M1/1‑39 (MQ=255) gTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctg > 2:2116240‑M1/1‑38 (MQ=255) gTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcatcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctg > 2:701521‑M1/1‑38 (MQ=255) tCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgc < 1:3368801‑M1/100‑64 (MQ=255) gCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcgg > 2:1120863‑M1/1‑35 (MQ=255) ccTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggc > 2:3707679‑M1/1‑34 (MQ=255) 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ccTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgc > 2:4146822‑M1/1‑8 (MQ=255) tGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgcaaacc < 2:181599‑M1/100‑98 (MQ=255) gCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgcaaaccg > 2:1944668‑M1/1‑2 (MQ=255) | ATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCA > NC_000913/3815759‑3815956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |