| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3898629 = | NA (NA) | 24 (0.170) | 12/162 | NT | NA | intergenic (+20/+42) | cbrC/yieK | UPF0167 family protein/putative 6‑phosphogluconolactonase |
| ? | NC_000913 | 3898659 = | NA (NA) | intergenic (+50/+12) | cbrC/yieK | UPF0167 family protein/putative 6‑phosphogluconolactonase | |||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
AAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGA > NC_000913/3898530‑3898728 | gttccagcttccgtgttgcagctgcatccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGc < 2:3465261‑M1/4‑1 (MQ=255) aGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGC < 1:4128573‑M1/100‑1 (MQ=255) gggTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCC < 2:1318087‑M1/100‑1 (MQ=255) tggtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGA > 2:273533‑M1/1‑100 (MQ=255) tggtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGA > 1:3481908‑M1/1‑100 (MQ=255) cagcttccgtgttgcagctgcatccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGa > 1:3873649‑M1/93‑100 (MQ=255) atcttccgtgttgcatctgcatccttcgcttatggtaatctctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGccgta > 1:3655934‑M1/92‑97 (MQ=255) gtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAn < 2:3726047‑M1/99‑2 (MQ=255) cATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGt > 2:3850754/1‑100 (MQ=255) cATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGt > 1:482704/1‑100 (MQ=255) tGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAAt > 2:2075943/1‑100 (MQ=255) gTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAAtt > 2:2345472/1‑100 (MQ=255) gTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAAtt < 1:516349/100‑1 (MQ=255) tCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCTGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTc < 1:4383211/100‑1 (MQ=255) cAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTca > 2:1927290/1‑100 (MQ=255) aGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcac < 2:2181904/100‑1 (MQ=255) aGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcac < 2:4383108/100‑1 (MQ=255) aGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcac < 2:3360235/100‑1 (MQ=255) aGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcac < 1:2522736/100‑1 (MQ=255) aGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcac < 1:3801955/100‑1 (MQ=255) aGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcac < 1:3189720/100‑1 (MQ=255) gggTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTGATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcaca < 1:2353543/100‑1 (MQ=255) gggTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATGTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcaca < 1:1841672/100‑1 (MQ=255) ggTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcacac < 1:2158975/100‑1 (MQ=255) gTTATTTGTTGCGCTGTCTCCTCTGGGGCAAGCGGAGAGTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcacac < 1:1756226/99‑1 (MQ=255) gTTATCTCTTCGGGTGTCTGCACTGTGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGATAACAGGCCGGAGCGTAATTcacaca < 1:850750/100‑1 (MQ=255) aTCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtcc < 2:1697880‑M2/100‑4 (MQ=255) tctTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggc < 2:1993176‑M1/100‑21 (MQ=255) tctTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggc > 2:14576‑M2/1‑94 (MQ=255) catccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGc > 1:2483411‑M1/73‑100 (MQ=255) ctTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcc < 1:1258206‑M2/100‑8 (MQ=255) cgtccGATGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcc < 1:1624270‑M1/98‑22 (MQ=255) atccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGcc > 1:1368302‑M1/72‑100 (MQ=255) atccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGcc > 2:1132087‑M1/72‑100 (MQ=255) atccttcgctcatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaagtagcactcggttaagcttaagcaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGcc > 1:2893721‑M1/72‑100 (MQ=255) ttCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcct < 1:4065815‑M1/100‑23 (MQ=255) tCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctg < 2:4172998‑M1/100‑24 (MQ=255) tCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctg < 2:3942782‑M1/100‑24 (MQ=255) tCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCATAATTCACACATCCGGCCtt < 2:4077675/100‑1 (MQ=255) tCCGCTGTCTCCACGGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcct < 1:1080564‑M1/99‑23 (MQ=255) tcgCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgt < 1:766677‑M1/99‑25 (MQ=255) ccGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgt < 1:299461‑M1/100‑25 (MQ=255) ccGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgt < 1:3307640‑M1/100‑25 (MQ=255) cTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttct < 2:1058016‑M1/100‑28 (MQ=255) cTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTAttt > 2:461417/1‑100 (MQ=255) tGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTc > 2:3952423/1‑100 (MQ=255) tGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTc < 2:1074496/100‑1 (MQ=255) gTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCt < 2:2526254/100‑1 (MQ=255) gTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCt > 2:1622593/1‑100 (MQ=255) tctcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCtt < 1:3424044/100‑1 (MQ=255) gatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTa > 2:4179658‑M1/62‑100 (MQ=255) ctcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctcatt < 2:3882215‑M1/100‑32 (MQ=255) ctcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTa > 2:1155856/1‑100 (MQ=255) ctcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTa > 1:1318317/1‑100 (MQ=255) tggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAg > 1:1023421‑M1/60‑100 (MQ=255) ccACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGTCTTATTTCTTacg < 2:2986744/100‑3 (MQ=255) 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1:2122354/100‑1 (MQ=255) gCAAGCGGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTGAATAATGAGAAGAGGCCGGAGGGTAATTGACACAGACAGCATTATTTCTTAAGGTTaagc > 1:2711706/1‑97 (MQ=255) cAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctcattatttaaa < 1:1011836‑M1/96‑39 (MQ=255) gCTGAGAGGGTGGGGCGAATTTTCGTAGTTATTTAAATTATGACGACAGGCCGTAGCGTAATTTGCACTTTCTGCCTTATTTCTGAAGCTTAAGCGAg > 1:3574517/1‑98 (MQ=255) cTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGc > 2:357466/1‑100 (MQ=255) gagaCTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTa < 2:2559556/100‑1 (MQ=255) gtgGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTg < 2:800985/100‑1 (MQ=255) gtgGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTg < 2:2274659/100‑1 (MQ=255) 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aatGAGAACAGGCCAGAGCGCAATTCACACATCCGGCCATATTTCTTAAGCTTTACCTAGTGCTAATACTGCGGCCGCGGCTTTATCAGCGATTACCa > 1:891129/1‑98 (MQ=255) atGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCa > 1:4232349/1‑100 (MQ=255) tGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAAACGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCa > 1:2744308/1‑96 (MQ=255) gagaACAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagaca < 2:2108725‑M2/100‑73 (MQ=255) agaACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCg > 2:3813540/1‑100 (MQ=255) agaACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCg > 2:4269902/1‑100 (MQ=255) gaACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGa < 2:3990567/100‑1 (MQ=255) gaACAGGCCGGAGCGTAATCCACACAtccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagacagc < 1:3877403‑M2/100‑75 (MQ=255) aCAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggcgacagcg < 2:3614290‑M2/99‑76 (MQ=255) aCAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagacagcgg < 2:4152377‑M2/100‑77 (MQ=255) aCAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagacagcgg < 1:652081‑M2/100‑77 (MQ=255) aCAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAg > 2:1912386/1‑100 (MQ=255) cAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagacagcgga < 2:3503725‑M2/100‑78 (MQ=255) AGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGa > 1:1912380‑M1/1‑100 (MQ=255) | AAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGA > NC_000913/3898530‑3898728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |