| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3898636 | NA (NA) | 35 (0.240) | 14/162 | NT | NA | noncoding (6/26 nt) | REP282 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP282 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 3898650 | NA (NA) | noncoding (20/26 nt) | REP282 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP282 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
TGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCT > NC_000913/3898537‑3898735 | ggtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGACTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAg > 1:2536019/1‑100 (MQ=255) cATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGt > 1:482704/1‑100 (MQ=255) cATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGt < 1:644385/100‑1 (MQ=255) cATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGt > 2:221922/1‑100 (MQ=255) aTTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTa < 1:3689024/100‑1 (MQ=255) tGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAAt > 2:2075943/1‑100 (MQ=255) gTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAAtt < 1:516349/100‑1 (MQ=255) tCAGTGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTc < 1:1212295/100‑1 (MQ=255) cAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTca > 2:1927290/1‑100 (MQ=255) ggTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTcacac < 1:2158975/100‑1 (MQ=255) aTCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtcc < 2:1697880‑M2/100‑4 (MQ=255) tctTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggc < 1:1808401‑M2/100‑7 (MQ=255) catccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGc > 2:2555287‑M1/73‑100 (MQ=255) catccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGc > 2:1073081‑M1/73‑100 (MQ=255) catccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGc > 2:3855817‑M1/73‑100 (MQ=255) ctTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcc < 1:2825018‑M1/100‑22 (MQ=255) ctTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcc < 2:1306241‑M1/100‑22 (MQ=255) ctTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcc > 2:708575‑M2/1‑93 (MQ=255) cgtccGATGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcc < 1:1624270‑M1/98‑22 (MQ=255) atccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGcc > 1:1368302‑M1/72‑100 (MQ=255) ttCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcct < 1:32606‑M1/100‑23 (MQ=255) tccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCt > 1:1023936‑M1/71‑100 (MQ=255) tccttcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCt > 1:2509595‑M1/71‑100 (MQ=255) tCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCtt > 2:2112056/1‑100 (MQ=255) ccGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgt < 2:3820031‑M1/100‑25 (MQ=255) tcgctgatggtaatcgctgataaagccgctgccgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTAtt > 2:4226675‑M1/67‑100 (MQ=255) cTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttct < 2:4170480‑M1/100‑28 (MQ=255) tGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctc < 1:4250779‑M1/100‑29 (MQ=255) gTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCt < 2:1596227/100‑1 (MQ=255) gTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCt < 2:2297596/100‑1 (MQ=255) tctcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCtt < 1:3424044/100‑1 (MQ=255) tctcCACGGCGACAAGCTCAGGCTGTGGTGTGATTTTTAGTAGTTATTTAACTAATGAGCACCGACCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCATtctttctt > 1:1944663/1‑100 (MQ=255) ctcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCtt > 2:4011140/1‑99 (MQ=255) ctcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTa > 1:1318317/1‑100 (MQ=255) atggtaatcgctgataaagccgctgtcgcagaattagcactcggttaagcttaagaaataAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTaa > 2:1452509‑M1/61‑100 (MQ=255) ccACTGCGGCGAGCTGAGACGGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACGCATGCGGCCTTATTTCTTAAg < 1:1634579/100‑1 (MQ=255) ccACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAg < 1:1407849/100‑1 (MQ=255) cACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGc > 1:1511991/1‑100 (MQ=255) aCTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCt < 2:523584/100‑1 (MQ=255) cTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctcattattta < 2:4392417‑M1/100‑37 (MQ=255) cGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGGAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctcattatttaaa < 1:210394‑M1/99‑39 (MQ=255) ggCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAAcc < 1:815230/100‑1 (MQ=255) gCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg < 1:2122354/100‑1 (MQ=255) cAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctcattatttaaa < 1:1011836‑M1/96‑39 (MQ=255) aaGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAg > 1:383818/1‑100 (MQ=255) aGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGt < 2:4279009/100‑1 (MQ=255) gCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTg < 2:1338232/100‑1 (MQ=255) agaCTGTGGGGTGATTTTTTTTTTTTTTTTTAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTGATTCTCTCATCCGGCCTTATTTCTTGTGCTTACCCGtgtg > 1:2461917/1‑96 (MQ=255) gtgGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTg > 2:3317781/1‑100 (MQ=255) ttgggttgtttttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGc < 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GGCCGGAGCGTAATGCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGa > 1:667105‑M1/1‑99 (MQ=255) gCCGGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagacagcggaaga < 2:394932‑M1/100‑95 (MQ=255) gCCGGAGCGTAATTCACACAtccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagacagcggaaga > 1:4152348‑M2/1‑20 (MQ=255) accgGAtgtgtgaattacgctccggcctgttctcattatttaaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcttgccgcagtggagacagcggaaga < 1:3876548‑M1/99‑95 (MQ=255) gAGCGTAATTCACACAtccggcctgttctcattatataaataactacgaaaaatcaccccacagtctcagcatgccgcagtggagacagcggaagagata < 2:2492887‑M2/100‑85 (MQ=255) AGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCt > 1:2716750‑M1/1‑100 (MQ=255) | TGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCT > NC_000913/3898537‑3898735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |