| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3114511 | NA (NA) | 11 (0.080) | 6/164 | NT | NA | noncoding (134/168 nt) | REP219 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | REP219 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 3114541 | NA (NA) | noncoding (164/168 nt) | REP219 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | REP219 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | |||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTG > NC_000913/3114443‑3114640 | ttCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGcc < 2:430000/100‑1 (MQ=255)ttCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATCCGGCa > 1:1472511‑M2/1‑99 (MQ=255) tCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCt > 2:1076332/1‑100 (MQ=255) tCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATCCGGCat > 2:1725622‑M2/1‑98 (MQ=255) ccccGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTa > 2:3740263/1‑100 (MQ=255) ccGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACg > 2:60599/1‑100 (MQ=255) ccGGCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGGGCCTTATCCGGCCTACg < 1:1975530/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAGGTCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGGTAAGCCTGCGCGGCTGATTTCATGCCGGATGCGGGGCGAGCGCCTTGGCCGGCCTACggg < 2:4382104/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACggg < 1:405384/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACggg < 1:83172/100‑1 (MQ=255) atCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACggg < 2:757179/99‑1 (MQ=255) cTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCt < 2:1307453/100‑1 (MQ=255) cTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCt < 2:1463/100‑1 (MQ=255) cTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTAAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCt < 1:3935576/100‑1 (MQ=255) tGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGCGCGCCTTATCCGGCCTACGGGc > 1:2452645/1‑98 (MQ=255) tGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCtt > 1:1187297/1‑100 (MQ=255) tGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATAGGGCAAATGTGTTAACCCAGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACggg > 1:181202/1‑97 (MQ=255) gTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGGGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGGGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTa > 2:3077096/1‑100 (MQ=255) tAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGGGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCtt > 1:3607875/1‑98 (MQ=255) tAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTAc < 2:3861377/100‑1 (MQ=255) ggCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCCGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGCGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTa > 1:105985/1‑97 (MQ=255) gCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCg > 2:4198005/1‑100 (MQ=255) cccGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCgg > 2:1238310/1‑100 (MQ=255) cGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCa < 2:2327228/100‑1 (MQ=255) gATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAg < 2:209390/100‑1 (MQ=255) gATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAg < 2:2302741/100‑1 (MQ=255) aGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACAt > 2:2565510/1‑100 (MQ=255) cAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCt < 2:3707538/100‑1 (MQ=255) agtcgcATCTGGCAAATGTGCTACCCACGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATCGGGCGCGATAGCCTTATCCGCCCTCCGGGCTTACTCg < 1:1462626/86‑1 (MQ=255) ggCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTa < 2:1187302/100‑1 (MQ=255) ggCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTa < 1:2723691/100‑1 (MQ=255) gcgcATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTAt > 1:68633/1‑100 (MQ=255) cgcATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATg < 2:2734377/100‑1 (MQ=255) cgcATCGGGCAAATGTGTTAACACGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACACCTTATg > 1:1208245/1‑100 (MQ=255) aTCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTc > 2:3533091/1‑100 (MQ=255) cGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCgg < 1:3686057/100‑1 (MQ=255) cGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCgg < 1:596664/100‑1 (MQ=255) gggCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATTCGGCGCGAGCGGCTTATCCGCACTACGGGAGTACTCGGCAGACATCTTCTGCTCGGt > 1:1844954/1‑100 (MQ=255) gggCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGt > 2:1430103/1‑100 (MQ=255) gggCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGt > 1:2033560/1‑100 (MQ=255) gggCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGt > 1:2824424/1‑100 (MQ=255) gggCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGt < 1:4017316/100‑1 (MQ=255) ggCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTa < 1:1046295/100‑1 (MQ=255) ggCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTa < 2:1986946/100‑1 (MQ=255) cAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGccctgatcg > 1:1699870/1‑92 (MQ=255) cAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAAc > 2:1097405/1‑100 (MQ=255) aaTGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCt < 2:1249863/100‑1 (MQ=255) aTGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTg > 1:3925267/1‑100 (MQ=255) gtgtTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGCGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGAt < 1:3203546/100‑1 (MQ=255) gtTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTCTGCTCGGTAACCTGATTa > 1:3363476/1‑100 (MQ=255) gtTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTa > 1:2135726/1‑100 (MQ=255) tttgcccGATGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTaa < 2:1208866/96‑1 (MQ=255) ttAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTaa > 2:3492271/1‑100 (MQ=255) aaCCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAAtn < 1:897855/100‑2 (MQ=255) aaCCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATg < 1:2387703/100‑1 (MQ=255) aaCCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATg < 2:1053289/100‑1 (MQ=255) aCCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATgg < 1:447305/100‑1 (MQ=255) aCCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATgg < 2:2673493/100‑1 (MQ=255) cccGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATg < 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tATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTg > 2:340458/1‑100 (MQ=255) cATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGATCGGTTACCTGATTGATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCg > 1:2972311/1‑100 (MQ=255) aTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCatgaaataaggcgcaccgggttaacacatttgcccgatgcgcctgcttatcgggcctacagacgggga < 2:1620760‑M2/100‑69 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCatgaaataaggcgcaccgggttaacacatttgcccgatgcgcctgcttatcgggcctacagacggggaa < 1:1486822‑M2/100‑70 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGACTTACTCGGCAGACATCTTATTCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGCTcc > 1:2359225/1‑97 (MQ=255) ggATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCg < 1:2276848/100‑1 (MQ=255) aTGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGc < 2:1970719/100‑1 (MQ=255) cggcgCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGa 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1:1566085/100‑1 (MQ=255) ccGGCatgaaataaggcgcaccgggttaacacatttgcccgatgcgcctgcttatcgggcctacagacggggaaagccgcgattatttgcgctggcagac > 2:3796344‑M2/1‑5 (MQ=255) ccGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCgt > 2:469517/1‑100 (MQ=255) ccGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTAATCCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTAACGCGAGCgt > 1:2892002/1‑100 (MQ=255) cGGCatgaaataaggcgcaccgggttaacacatttgcccgatgcgcctgcttatcgggcctacagacggggaaagccgcgattatttgcgctggcagaca > 2:620134‑M2/1‑4 (MQ=255) cGGCatgaaataaggcgcaccgggttaacacatttgcccgatgcgcctgcttatcgggcctacagacggggaaagccgcgattatttgcgctggcagaca < 1:4199599‑M2/100‑97 (MQ=255) ggCatgtaataaggcgcaccgggttaacacagttgccggatccgcctgcttatcgggcctacagacggggaaagccgcgattatttgcgctggcagac > 1:3568140‑M2/1‑3 (MQ=255) ggCatgaaataaggcgcaccgggttaacacatttgcccgatgcgcctgcttatcgggcctacagacggggaaagccgcgattatttgcgctggcagacac > 2:3151152‑M2/1‑3 (MQ=255) ggCatgaaataaggcgcaccgggttaacacatttgcccgatgcgcctgcttatcgggcctacagacggggaaagccgcgattatttgcgctggcagacac > 2:1359722‑M2/1‑3 (MQ=255) ggCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCgtgt < 2:2902780/100‑1 (MQ=255) ggCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCgtgt > 2:1644553/1‑100 (MQ=255) ggCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCgtgt > 1:1011885/1‑100 (MQ=255) | TTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTG > NC_000913/3114443‑3114640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |