| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,716,033 | C→A | 16.1% | intergenic (+23/+33) | eamB → / ← grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,033 | 0 | C | A | 16.1% | 432.9 / 69.0 | 172 | intergenic (+23/+33) | eamB/grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/77); new base A (20/8); total (87/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |