| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,993,889 | T→A | 16.8% | intergenic (+33/‑50) | ygeI → / → pbl | uncharacterized protein/pseudogene, peptidoglycan‑binding enzyme family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,993,889 | 0 | T | A | 16.8% | 521.7 / 90.7 | 214 | intergenic (+33/‑50) | ygeI/pbl | uncharacterized protein/pseudogene, peptidoglycan‑binding enzyme family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (96/82); new base A (27/9); total (123/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACGTTTTGTATAT > NC_000913/2993790‑2993987 | gcCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACtt > 2:3517647/1‑100 (MQ=255) ccTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACttt > 2:4371933/1‑100 (MQ=255) cTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCATATAAAGCATAACGAGATACtttt < 1:1156088/100‑1 (MQ=255) ttttCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTta < 2:3888541/100‑1 (MQ=255) tttCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAAGCCTATCTCACCCTACTATAAAATTGAGTTGTAGACGTTTGACCAAATAAATCATAACTGAAAACTTTtat > 1:4075892/1‑100 (MQ=255) tCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTataa > 2:4205563/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |