| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 443,023 | T→C | 19.2% | intergenic (+26/+28) | thiI → / ← yajL | tRNA s(4)U8 sulfurtransferase/oxidative‑stress‑resistance chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 443,023 | 0 | T | C | 19.2% | 399.2 / 90.6 | 197 | intergenic (+26/+28) | thiI/yajL | tRNA s(4)U8 sulfurtransferase/oxidative‑stress‑resistance chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/76); new base C (26/12); total (109/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-02 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GGGTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGCCC > NC_000913/442924‑443122 | gggTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGt > 1:2033344/1‑100 (MQ=255) ggTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTc < 2:2033352/100‑1 (MQ=255) gatgaGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGTGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCACGTAAATTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGa > 1:419363/1‑100 (MQ=255) gatgaGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGa < 2:295986/100‑1 (MQ=255) gatgaGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGa > 2:3843655/1‑100 (MQ=255) atgaGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGAt < 2:1219050/100‑1 (MQ=255) 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2:3126891/100‑1 (MQ=255) tCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGACCAGATGCGACGta < 2:3267229/100‑2 (MQ=255) tacAGGCGCTCTAACTGCGCGAGCAGGGCTTAAACAATGTGAGGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTg > 2:2970142/3‑100 (MQ=255) gCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGc > 1:186064/1‑100 (MQ=255) cAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGcc < 1:3503556/100‑1 (MQ=255) aGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCg < 1:100055/100‑1 (MQ=255) aGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCg < 2:3329068/100‑1 (MQ=255) ggCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGc > 2:2904721/1‑100 (MQ=255) ggCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGc > 1:2946/1‑100 (MQ=255) ggCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGc > 2:927812/1‑100 (MQ=255) gcTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATc < 1:1136615/100‑1 (MQ=255) ctctATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATcc < 2:3788417/100‑1 (MQ=255) tCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGacac < 2:2309941/100‑1 (MQ=255) cTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 2:4088128/100‑1 (MQ=255) tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACacta < 1:2449375/100‑1 (MQ=255) tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACacta > 1:1312007/1‑100 (MQ=255) tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACacta > 1:4111930/1‑100 (MQ=255) tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGGTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACacta > 2:2347562/1‑100 (MQ=255) cgcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCACATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactact < 2:1864528/100‑1 (MQ=255) gcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 2:1122322/1‑100 (MQ=255) gcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:454433/1‑100 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 1:557835/100‑1 (MQ=255) gggCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaataa > 2:466531/1‑100 (MQ=255) 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tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATg < 2:4225720/100‑1 (MQ=255) tgtgtgGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATg < 1:2544205/98‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGc < 2:1260578/100‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGc > 2:1703216/1‑100 (MQ=255) tgtgGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGcc < 1:3311219/100‑1 (MQ=255) tgtgGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGcc < 2:2748820/100‑1 (MQ=255) tgtgGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGcc > 2:211621/1‑100 (MQ=255) tgGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCAc > 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2:875944/1‑100 (MQ=255) gTCGCATCTGACCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCt > 1:1406197/1‑100 (MQ=255) tCGCATCTGACCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTAATCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCtt > 1:906064/1‑100 (MQ=255) gCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCtttt > 2:2637795/1‑100 (MQ=255) gCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCtttt > 2:2638345/1‑100 (MQ=255) cATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGCCACTACTCGTAATAATTATACCTCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCttttt < 1:365885/100‑1 (MQ=255) aTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTc < 1:2197522/100‑1 (MQ=255) aTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTc < 1:607249/100‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCa < 2:3931632/100‑1 (MQ=255) gTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGcc < 2:4152412/100‑1 (MQ=255) tCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCttttcgtagact < 1:1496684/100‑9 (MQ=255) tCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGccc > 2:4137008/1‑100 (MQ=255) | GGGTGATGAGCCGTCTGCAGGCGCTCTATCTGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGTTGTGATGCCACTTCATGGGCTTTTTCACGCCC > NC_000913/442924‑443122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |