| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,658,002 | C→T | 20.4% | intergenic (+435/‑364) | hdeD → / → gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,658,002 | 0 | C | T | 20.4% | 461.6 / 101.6 | 218 | intergenic (+435/‑364) | hdeD/gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/75); new base T (19/26); total (117/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.49e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGA > NC_000913/3657903‑3658101 | gCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATc < 2:748063/100‑1 (MQ=255)gCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATc > 2:583852/1‑100 (MQ=255)gCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATc > 2:1735207/1‑100 (MQ=255)gCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATc > 2:628770/1‑100 (MQ=255) cATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATcc > 2:3111868/1‑100 (MQ=255) aTAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTTAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGACAGCTGGCAATCCa < 1:2709234/100‑1 (MQ=255) aaaTATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAAt < 2:3751812/100‑1 (MQ=255) aaTATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAAtt > 2:662086/1‑100 (MQ=255) tCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCa > 2:3024693/1‑100 (MQ=255) tCCATGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCa > 1:3961176/1‑100 (MQ=255) cGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGc < 1:1134512/100‑1 (MQ=255) cGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGc < 1:180732/100‑1 (MQ=255) cGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGc < 2:1771760/100‑1 (MQ=255) gtgtCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCGATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGCt < 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tataAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGATAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTAACAGCTTAAATCGAAACAAGga > 1:3681116/1‑100 (MQ=255) aaaCCTGAAGACATGAATGCGTTATATACTCAGATAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGgaga < 1:4270655/97‑1 (MQ=255) cTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGata < 2:1257999/100‑1 (MQ=255) tGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGatat > 1:780510/1‑100 (MQ=255) aGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAGTTTCTATGCGTTACAAGAAAGCTGGCAATCTAATTGCGAGCTTGAGTCGAAACAAGGAGACTCGatatgt > 2:4156377/1‑97 (MQ=255) aGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTa < 2:3937203/100‑1 (MQ=255) cATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAAt > 1:3502026/1‑100 (MQ=255) cATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAAt > 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ccAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGATACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGa < 1:1020628/100‑1 (MQ=255) ccAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTg < 1:2290504/99‑1 (MQ=255) ccAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGa < 2:2911611/100‑1 (MQ=255) ccAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGa > 1:1941045/1‑100 (MQ=255) | GCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGA > NC_000913/3657903‑3658101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |