| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,658,003 | C→G | 20.2% | intergenic (+436/‑363) | hdeD → / → gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,658,003 | 0 | C | G | 20.2% | 510.6 / 122.7 | 218 | intergenic (+436/‑363) | hdeD/gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/76); new base G (19/25); total (117/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGAT > NC_000913/3657904‑3658102 | cATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATcc > 2:726034/1‑100 (MQ=255) aTAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTTAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGACAGCTGGCAATCCa < 1:2709234/100‑1 (MQ=255) tAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCaa > 2:3836227/1‑100 (MQ=255) aaaTATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAAt > 1:4377451/1‑100 (MQ=255) atatCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAAATTCAATGCGTTAAAAGAAAGATGGCAATCCAATTg > 1:2544483/1‑100 (MQ=255) tCCATGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCa > 1:3961176/1‑100 (MQ=255) 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2:2506840/100‑1 (MQ=255) gtgtCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGCt < 2:2628343/100‑1 (MQ=255) gtgtCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCt < 2:4066864/100‑1 (MQ=255) gtgtCTACAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCt < 2:819356/100‑1 (MQ=255) gtCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGCttt < 2:2215928/100‑2 (MQ=255) gtCGCCAGACGCTATATAAAAACCTGAACACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGCttt < 1:845332/100‑2 (MQ=38) tctcCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATTGGATTGCCAGCtttc < 1:2195090/100‑3 (MQ=38) ccAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTc < 1:208153/100‑1 (MQ=255) 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1:3537082/1‑96 (MQ=255) tataAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGATAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTAACAGCTTAAATCGAAACAAGga > 1:3681116/1‑100 (MQ=255) ataAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGgag > 2:2067843/1‑100 (MQ=255) aaaCCTGAAGACATGAATGCGTTATATACTCAGATAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGgaga < 1:4270655/97‑1 (MQ=255) ccTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGat > 1:1166325/1‑100 (MQ=255) tGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGatat > 1:780510/1‑100 (MQ=255) gAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATAtt > 1:2861869/1‑100 (MQ=255) aGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTa < 2:3389432/100‑1 (MQ=255) aGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTa < 2:3937203/100‑1 (MQ=255) naTGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAAt > 1:4160661/2‑100 (MQ=255) cATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAAt > 1:3223934/1‑100 (MQ=255) tGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATc > 1:4185243/1‑99 (MQ=255) tGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCg > 2:225743/1‑100 (MQ=255) aTGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGAt > 1:3167744/1‑100 (MQ=255) tGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGAtt < 2:644428/100‑1 (MQ=255) tttACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACAtttt > 1:3421529/1‑100 (MQ=255) tttACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACAtttt > 1:366922/1‑100 (MQ=255) tccTCAGGTAATTCCAATGCGTTAAAAGAAAACTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTaa > 2:2966703/3‑100 (MQ=255) tACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTaa > 1:1012909/1‑100 (MQ=255) tCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACtt < 1:1565565/100‑1 (MQ=255) cAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACttt > 2:2611916/1‑100 (MQ=255) cAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACttt < 1:3371311/100‑1 (MQ=255) cAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACttt < 2:1289670/100‑1 (MQ=255) ggTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAg > 2:1602290/1‑100 (MQ=255) tAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGt < 1:1726368/99‑1 (MQ=255) tAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTa > 1:699533/1‑100 (MQ=255) tttCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAata < 2:110850/100‑1 (MQ=255) tCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATAtt > 2:2148067/1‑100 (MQ=255) aaTGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATAttct < 1:774107/100‑1 (MQ=255) tGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAATGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATAttcttc < 1:546944/100‑1 (MQ=255) cGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCATCTTAACTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCag < 1:2966687/100‑1 (MQ=255) cGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCag < 2:4133807/100‑1 (MQ=255) cGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCag > 2:2513070/1‑100 (MQ=255) cGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCag > 2:56352/1‑100 (MQ=255) tAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAgaga < 2:2379391/100‑1 (MQ=255) aaaaGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGAt > 1:4304096/1‑100 (MQ=255) aaaaGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGAt < 2:3547776/100‑1 (MQ=255) gacttaagCTGGGAATTGGATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATCACATTTTACCTTTAGTAATATTCTTCagag > 1:2014705/6‑97 (MQ=37) 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cAATTGCCAGTTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGAt < 1:1037556/100‑1 (MQ=255) cAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTgn < 1:1263309/99‑2 (MQ=255) cAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGAt < 2:1625415/100‑1 (MQ=255) cAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGAt < 1:27612/100‑1 (MQ=255) | CATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGAT > NC_000913/3657904‑3658102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |