| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,062,371 | A→T | 15.1% | N42I (AAT→ATT) | yihN → | MFS transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,062,371 | 0 | A | T | 15.1% | 581.9 / 85.8 | 231 | N42I (AAT→ATT) | yihN | MFS transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/89); new base T (17/18); total (124/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.30e-02 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACA > NC_000913/4062272‑4062469 | aTTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAAt < 1:1384366/100‑1 (MQ=255) ttAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATgg < 1:3508335/100‑1 (MQ=255) tAGGCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATGTAGAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTCTAACAATGGt > 1:2900711/1‑100 (MQ=255) tATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGCTGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACGAATGGTCaagt > 1:2532572/1‑98 (MQ=255) tATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCATTGGTCAAAt < 2:1652884/100‑1 (MQ=255) tATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCATTGGTCAAAt < 1:36362/100‑1 (MQ=255) 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acTGTGTGGCGGTACAATGTATAAATTACCGTCGCTGAAAGCTGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAAt > 1:1847318/1‑100 (MQ=255) cTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATg > 2:3144700/1‑100 (MQ=255) tgtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGc < 1:2732738/100‑1 (MQ=255) tgtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGc < 2:3209937/100‑1 (MQ=255) gtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCt > 1:2903100/1‑100 (MQ=255) gtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCt < 2:3579735/100‑1 (MQ=255) atctgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCt < 1:2081304/97‑1 (MQ=255) tgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTa < 2:4171829/100‑1 (MQ=255) gtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTAt > 1:4149831/1‑100 (MQ=255) gtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTAt < 2:1941719/100‑1 (MQ=255) tgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATg > 1:155166/1‑100 (MQ=255) ggCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTagat > 2:2081312/1‑97 (MQ=255) ggCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGt > 2:1802640/1‑100 (MQ=255) ggCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGt > 1:696967/1‑100 (MQ=255) gCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTc < 2:395251/100‑1 (MQ=255) 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2:2792697/100‑1 (MQ=255) taAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAttt < 1:964175/100‑1 (MQ=255) ttACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTca < 2:277228/100‑1 (MQ=255) tACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTccc < 2:2979693/100‑3 (MQ=255) tACCGTCGATGAAAGCTGCGTTTTATATAACGATGCAGGACTCTTTCCATTTGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTTTGTCGGTAAACGCATTTGTcac < 1:2561413/100‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTcacca > 1:2408740/1‑100 (MQ=255) gTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACcaca > 2:630883/1‑100 (MQ=255) cGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTAGTAATGCTAAGTCGGTAAACTCATTTGTCACcaca > 2:457374/1‑98 (MQ=255) cTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTgg > 2:1444524/1‑100 (MQ=255) gAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGc > 1:628017/1‑100 (MQ=255) gATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCtttt < 1:4153525/100‑1 (MQ=255) gCGTTTTATATCCCGATTCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAACGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTCTTTTc < 1:1452977/100‑1 (MQ=255) gCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTc < 1:180318/100‑1 (MQ=255) cGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCt < 2:1226680/100‑1 (MQ=255) cGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCt > 1:349115/1‑100 (MQ=255) cGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACAACAGTGGGCTTTTTTCt > 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ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGAt > 2:3324556/1‑99 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATa > 2:243627/1‑100 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATa > 1:1890098/1‑100 (MQ=255) aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATaca < 1:3067778/100‑1 (MQ=255) | TATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACA > NC_000913/4062272‑4062469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |