| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,078,996 | G→T | 100% | intergenic (+558/‑301) | yiiD → / → yiiE | GNAT family putative N‑acetyltransferase/CopG family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,078,996 | 0 | G | T | 99.4% | 575.2 / ‑4.5 | 164 | intergenic (+558/‑301) | yiiD/yiiE | GNAT family putative N‑acetyltransferase/CopG family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (79/84); total (80/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TTTAGAAAAACAACTTTCCCGAACTGTTACCAACAAAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAAGATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTGCTGTTAGGATGCTGACGTTTTTCGGCTACACCATTCAGATTATGCAAATAAATATCTCTGAATATAATATA > NC_000913/4078899‑4079092 | tttAGAAAAACAACTTTCCCGAACTGTTACCAACAAAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAatat < 1:3330064/100‑1 (MQ=255) tAGAAAAACAACTTTCCCGAACTGTTACCAACAAAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATAtt < 2:403533/99‑1 (MQ=255) tAGAAAAACAACTTTCCCGAACTGTTACCAACAAAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTa > 1:3986092/1‑100 (MQ=255) tAGAAAAACAACTTTCCCGAACTGTTACCAACAAAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTa < 2:2337382/100‑1 (MQ=255) aaaaaaaCAACTTTCCCGAACTGTTACCAACAAAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATAtt < 2:451211/96‑1 (MQ=255) gAAAAACAACTTTCCCGAACTGTTACCAACAAAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTAAt > 1:1526905/1‑100 (MQ=255) 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1:3113625/1‑100 (MQ=255) caacaaAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTGCTGTTa > 1:3422266/1‑99 (MQ=255) caacaaAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTGCTGTTAg < 1:298213/100‑1 (MQ=255) caacaaAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTGCTGTTAg > 2:2084354/1‑100 (MQ=255) caacaaAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGATGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTACTGTTAg > 1:91416/1‑100 (MQ=255) aacaaAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCTGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTGCTGTTAgg < 2:4060698/100‑1 (MQ=255) aacaaAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGGTCTGTGATGAAATATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTGCTGTTAgg < 2:4358426/100‑1 (MQ=255) aacaaAATTATAACGATGAGCAAGTAAAGACCGGTTGGTGGCAGTACTGACCGATCTGTGATGAAATATTAATTTCACCTTAAATCCTGGTGCTATTa > 1:2622183/1‑98 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |