| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,242,546 | 0 | G | A | 18.8% | 493.5 / 97.7 | 223 | intergenic (‑292/+80) | xylE/malG | D‑xylose transporter/maltose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/96); new base A (20/22); total (105/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-02 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
AAGTGGGAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTGCAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTCCGTGGAGCGCCGAATAACAGTCACAAGTTGGGATAACGTAAGTTGAGGGTGCAGCGGCATAACATTGGCAGAACAACATCTTTAACCTTTCACACCACCTG > NC_000913/4242448‑4242645 | aaGTGGGAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTGCAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTCCGt < 2:946230/100‑1 (MQ=255) aGTGGGAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTGCAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTCCGTg < 1:634674/100‑1 (MQ=255) ggAAAACAAAAAAAGAAAAAATAATAAGCTCTATGATGCAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGCTCCGTGGa < 1:533763/98‑1 (MQ=255) ggAAAAAAAAAAAAGTAAAAATAATAAGCTCTATGAAAAAAATATTAACCGGCGAACGTTTCAGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGCTCCGTGGAgc < 1:1235837/100‑1 (MQ=255) gAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTGCAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTCCGTGGAgcg > 2:1505939/1‑100 (MQ=255) gAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTGCAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGCTCCGTGGAgcg < 1:2693553/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |