| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,291,512 | G→A | 18.8% | M1M (GTG→ATG) †‡ | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,291,512 | 0 | G | A | 18.8% | 452.2 / 81.2 | 200 | M1M (GTG→ATG) † | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/82); new base A (15/23); total (95/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GACAGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTCCTGC > NC_000913/4291413‑4291611 | aCAGTTGACGTTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGTAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACg < 1:4235907/99‑1 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTGCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTGAACGTGtt > 1:1019962/1‑100 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt > 2:2785678/1‑100 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt > 1:1561356/1‑100 (MQ=255) ttGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTg < 2:649170/100‑1 (MQ=255) ttGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTg < 2:293221/100‑1 (MQ=255) tGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGa > 1:2636657/1‑100 (MQ=255) tGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGa < 2:29685/100‑1 (MQ=255) gACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGCCGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGGTGGTGTTAAGTCTCGGGGTCAACATGTTGAc > 1:787336/1‑100 (MQ=255) gACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGAc < 2:794864/100‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCAACCCAGAAACGGGGTGGTTTCTGGTCGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGAccc < 1:2189574/100‑1 (MQ=255) ggTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGAcccc < 2:771593/100‑1 (MQ=255) ggTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGAcccc < 2:1296699/100‑1 (MQ=255) gTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGACCCCg < 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cGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGACCCCgagac < 2:2246540/100‑5 (MQ=39) cGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGGCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGa < 2:1531794/100‑1 (MQ=255) tagtccAGCAAAGAGGTGGTTTCTGGTTGTATTCTTTCCTGAAGTCCGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGACCCCgagac < 1:3803405/94‑5 (MQ=25) aaGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACgg > 2:2075615/1‑100 (MQ=255) aaGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACgg < 2:1697573/100‑1 (MQ=255) aaGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACgg > 1:3286547/1‑100 (MQ=255) aaGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACgg < 2:853476/100‑1 (MQ=255) aGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGc > 2:2743732/1‑100 (MQ=255) cAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCtt > 1:852702/1‑100 (MQ=255) aGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTc > 1:2740569/1‑100 (MQ=255) gAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTcg < 2:3293502/100‑1 (MQ=255) aaaGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTcgcg > 1:1812885/1‑100 (MQ=255) aaGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCgg < 2:3476354/100‑1 (MQ=255) aaGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTGGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCgg > 1:745248/1‑100 (MQ=255) ttagGTGGTTTCTTGATGTATTCGTTCCTGAAGTCAGTTTTCTGGCGTTGTTGTTGAGTCTCGGGGTCAACGTGTTAACCCCGTTGACgg < 1:169648/88‑1 (MQ=255) agGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAg < 1:3026691/100‑1 (MQ=255) ggtggtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGt > 1:1495974/1‑100 (MQ=255) tggtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGc < 2:4018962/100‑1 (MQ=255) tggtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGc < 2:884026/100‑1 (MQ=255) tggtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGc > 1:1779458/1‑100 (MQ=255) ggtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCg > 1:909254/1‑100 (MQ=255) ttCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGt > 1:3478229/1‑99 (MQ=255) tCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTg > 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tATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGcc < 2:1054908/100‑1 (MQ=255) tATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGcc < 2:1495979/100‑1 (MQ=255) tccttcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGc > 1:2064092/1‑100 (MQ=255) tccttcctGAAGTCGGTTGTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCACCGTGTTGACGCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTGGCGCTGGCTTGc > 1:200739/1‑100 (MQ=255) ccttcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGc < 1:50965/95‑1 (MQ=255) cttcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCa < 1:3243452/100‑1 (MQ=255) tcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCatg < 2:3144450/100‑1 (MQ=255) ctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCatgat > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |